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万見
- PDB-2n98: Solution structure of acyl carrier protein LipD from Actinoplanes... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n98
タイトルSolution structure of acyl carrier protein LipD from Actinoplanes friuliensis
要素Acyl carrier protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / acyl carrier protein
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopantetheine binding
類似検索 - 分子機能
ACP-like / PKS_PP_betabranch / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Actinoplanes friuliensis (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Paul, S. / Ishida, H. / Liu, Z. / Nguyen, L.T. / Vogel, H.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Structural and dynamic characterization of a freestanding acyl carrier protein involved in the biosynthesis of cyclic lipopeptide antibiotics.
著者: Paul, S. / Ishida, H. / Nguyen, L.T. / Liu, Z. / Vogel, H.J.
履歴
登録2015年11月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Database references
改定 1.22017年5月17日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl carrier protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5051
ポリマ－9,5051
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Acyl carrier protein


分子量: 9504.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinoplanes friuliensis (バクテリア)
遺伝子: lipD / プラスミド: pET15MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4H1C9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
2223D HNCO
2323D HN(CA)CB
2423D CBCA(CO)NH
2523D HN(CA)CO
2623D HBHA(CO)NH
2723D H(CCO)NH
2823D C(CO)NH
1913D 1H-15N NOESY
31033D 1H-13C NOESY
41142D 1H-1H TOCSY
41242D DQF-COSY
41342D 1H-1H NOESY
5145IPAP-1H-15N-HSQC
31532D 1H-13C HSQC aromatic
1161IPAP-1H-15N-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-15N] protein, 0.03 % sodium azide, 100 mM potassium chloride, 10 mM DTT, 0.5 mM DSS, 50 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 100 mM potassium chloride, 10 mM DTT, 0.03 % sodium azide, 0.5 mM DSS, 50 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 50 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 10 mM DTT, 0.03 % sodium azide, 0.5 mM DSS, 100% D2O100% D2O
41 mM protein, 50 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 0.03 % sodium azide, 10 mM DTT, 0.5 mM DSS, 100% D2O100% D2O
50.5 mM [U-15N] protein, 130 mM potassium chloride, 50 mM potassium phosphate, 10 mM DTT, 0.5 mM DSS, 0.03 % PMSF, 15 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMentity-1[U-15N]1
0.03 %sodium azide-31
100 mMpotassium chloride-41
10 mMDTT-51
0.5 mMDSS-61
50 mMpotassium phosphate-71
0.5 mMentity-8[U-13C; U-15N]2
100 mMpotassium chloride-92
10 mMDTT-102
0.03 %sodium azide-112
0.5 mMDSS-132
50 mMpotassium phosphate-142
0.5 mMentity-15[U-13C; U-15N]3
50 mMpotassium phosphate-163
100 mMpotassium chloride-173
10 mMDTT-183
0.03 %sodium azide-193
0.5 mMDSS-203
1 mMentity-214
50 mMpotassium phosphate-224
100 mMpotassium chloride-234
0.03 %sodium azide-244
10 mMDTT-254
0.5 mMDSS-264
0.5 mMentity-27[U-15N]5
130 mMpotassium chloride-295
50 mMpotassium phosphate-305
10 mMDTT-315
0.5 mMDSS-325
0.03 %PMSF-335
15 mg/mLPf1 phage-345
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
11006ambient 297 K
21006ambient 297 K
31006.4ambient 297 K
41006.4ambient 297 K
5130ambient 297 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIH2.19Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIH2.19Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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