PDB-2n8e: Three-dimensional structure of cyclic PVIIA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2n8e

タイトル

Three-dimensional structure of cyclic PVIIA

要素

Kappa-conotoxin PVIIA

キーワード

TOXIN / cystine knot / inhibitor

機能・相同性

Conotoxin / Conotoxin / ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Kappa-conotoxin PVIIA

機能・相同性情報

生物種

Conus purpurascens (無脊椎動物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Kwon, S. / Schroeder, C. / Craik, D.

引用

ジャーナル: Biotechnol.Bioeng. / 年: 2016
タイトル: Efficient enzymatic cyclization of an inhibitory cystine knot-containing peptide.
著者: Kwon, S. / Bosmans, F. / Kaas, Q. / Cheneval, O. / Conibear, A.C. / Rosengren, K.J. / Wang, C.K. / Schroeder, C.I. / Craik, D.J.

履歴

登録	2015年10月13日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2n8e.cif.gz	202.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2n8e.ent.gz	170.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2n8e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2n8e_validation.pdf.gz	517.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2n8e_full_validation.pdf.gz	608.3 KB	表示
XML形式データ	2n8e_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	2n8e_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/2n8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/2n8e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2m9f-d 6ji7-d 2mt8-d 1ag7-d 1chl-d 5vtk-d 5lm0-d 1e4s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25847

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kappa-conotoxin PVIIA

3.89 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質・ペプチド	Kappa-conotoxin PVIIA / CGX-1051 / Fin-popping peptide 分子量: 3894.513 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 46-72 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus purpurascens (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P56633

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	2D DQF-COSY
1	4	1	2D 1H-15N HSQC
1	5	1	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細	内容: 1 mM protein, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1 mM / 構成要素: entity-1
試料状態	pH: 3.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化
TALOS	Cornilescu, Delaglio and Bax	geometry optimization
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
TopSpin	Bruker Biospin	collection
CCPN	CCPN	データ解析

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 377 / NOE intraresidue total count: 139 / NOE long range total count: 43 / NOE medium range total count: 46 / NOE sequential total count: 149 / Protein chi angle constraints total count: 4 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 17 / Protein psi angle constraints total count: 17

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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