PDB-2n8b: Cysteine knot with integrin avb6 cancer recognition site

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2n8b

タイトル

Cysteine knot with integrin avb6 cancer recognition site

要素

Cysteine knot

キーワード

PROTEIN BINDING / DE NOVO PROTEIN / cancer / imaging

手法

溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Filipp, F.V. / Tikole, S.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Cystein knot with 2-FP label and integrin AvB6 cancer recognition site
著者: Filipp, F.V. / Tikole, S.

履歴

登録	2015年10月10日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2n8b.cif.gz	234.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2n8b.ent.gz	195.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2n8b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/2n8b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/2n8b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2n8cC 1ha9 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2n6b-d 1v4q-d 1hhy-d 6avc-d 2v1s-7 6cgw-d 1wo7-d 6ceg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 25844

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cysteine knot

3.84 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	all calculated structures submitted
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Cysteine knot 分子量: 3842.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	2	2D 1H-1H NOESY
1	4	2	2D 1H-1H TOCSY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	2 mM KNOT, 20 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	2 mM KNOT, 20 mM potassium phosphate, 5.5 M [U-2H] D2O, 100% D2O	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
2 mM	KNOT-1		1
20 mM	potassium phosphate-2		1
2 mM	KNOT-3		2
20 mM	potassium phosphate-4		2
5.5 M	D2O-5	[U-2H]	2

試料状態

イオン強度: 20 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 300 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRView	5.2.2	Johnson, One Moon Scientific	chemical shift assignment
CYANA	3	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
NMRPipe	X	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
TopSpin	3.2	Bruker Biospin	collection
CYANA	3	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 225 / NOE intraresidue total count: 2 / NOE long range total count: 97 / NOE medium range total count: 42 / NOE sequential total count: 84

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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