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万見
- PDB-2n7i: NMR structure of the prolactin receptor transmembrane domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n7i
タイトルNMR structure of the prolactin receptor transmembrane domain
要素Prolactin receptor
キーワードHORMONE RECEPTOR / transmembrane domain / membrane protein / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


prolactin receptor activity / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / regulation of epithelial cell differentiation / activation of Janus kinase activity / mammary gland epithelial cell differentiation / steroid biosynthetic process / prostate gland growth / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / Prolactin receptor signaling / cytokine binding ...prolactin receptor activity / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / regulation of epithelial cell differentiation / activation of Janus kinase activity / mammary gland epithelial cell differentiation / steroid biosynthetic process / prostate gland growth / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / Prolactin receptor signaling / cytokine binding / peptide hormone binding / mammary gland alveolus development / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Growth hormone receptor signaling / regulation of cell adhesion / lactation / positive regulation of B cell proliferation / embryo implantation / endosome lumen / response to bacterium / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of cold-induced thermogenesis / receptor complex / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / lipid binding / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Prolactin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model6
データ登録者Bugge, K. / Kragelund, B.B.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: A combined computational and structural model of the full-length human prolactin receptor.
著者: Bugge, K. / Papaleo, E. / Haxholm, G.W. / Hopper, J.T. / Robinson, C.V. / Olsen, J.G. / Lindorff-Larsen, K. / Kragelund, B.B.
履歴
登録2015年9月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prolactin receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9611
ポリマ－3,9611
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Prolactin receptor / PRL-R


分子量: 3960.745 Da / 分子数: 1 / 断片: Helical transmembrane domain residues 230-264 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRLR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16471

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1233D HNHA
1332D 1H-15N HSQC
1412D 1H-15N HSQC
1522D 1H-15N HSQC
1613D HNCO
1713D HN(CA)CB
1813D CBCA(CO)NH
1923D 1H-15N NOESY
11022D 1H-13C HSQC aliphatic
11122D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM [U-13C; U-15N] PRLRTMD, 2 mM DSS, 0.05 % sodium azide, 560 mM DHPC, 20 mM sodium phosphate, 4 mM TCEP, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-13C; U-15N] PRLRTMD, 2 mM DSS, 0.05 % sodium azide, 700 mM [U-2H] DHPC, 20 mM sodium phosphate, 4 mM TCEP, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.7 mM [U-15N] PRLRTMD, 2 mM DSS, 0.05 % sodium azide, 490 mM DHPC, 20 mM sodium phosphate, 4 mM TCEP, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMPRLRTMD-1[U-13C; U-15N]1
2 mMDSS-21
0.05 %sodium azide-31
560 mMDHPC-41
20 mMsodium phosphate-51
4 mMTCEP-61
50 mMsodium chloride-71
1 mMPRLRTMD-8[U-13C; U-15N]2
2 mMDSS-92
0.05 %sodium azide-102
700 mMDHPC-11[U-2H]2
20 mMsodium phosphate-122
4 mMTCEP-132
50 mMsodium chloride-142
0.7 mMPRLRTMD-15[U-15N]3
2 mMDSS-163
0.05 %sodium azide-173
490 mMDHPC-183
20 mMsodium phosphate-193
4 mMTCEP-203
50 mMsodium chloride-213
試料状態イオン強度: 50 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA7502
Bruker AvanceBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.3.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA2.3.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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