PDB-2n6o: Structure of spider-venom peptide Hm1a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2n6o

タイトル

Structure of spider-venom peptide Hm1a

要素

Kappa-theraphotoxin-Hm1a

キーワード

TOXIN / Hm1a / spider venom / cystine knot / gating modifier

機能・相同性

modulation of voltage-gated sodium channel activity in another organism / Huwentoxin-1 family / Ion channel inhibitory toxin / ion channel inhibitor activity / sodium channel regulator activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Delta-theraphotoxin-Hm1a

機能・相同性情報

生物種

Heteroscodra maculata (クモ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Undheim, E.A.B. / King, G.F. / Mobli, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of spider-venom peptide Hm1a
著者: Undheim, E.A.B. / King, G.F. / Mobli, M. / Petrou, S.

履歴

登録	2015年8月27日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2n6o.cif.gz	232.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2n6o.ent.gz	196.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2n6o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2n6o_validation.pdf.gz	421.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2n6o_full_validation.pdf.gz	487.2 KB	表示
XML形式データ	2n6o_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	2n6o_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/2n6o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/2n6o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6atm-d 6btv-d 6cgw-d 2m9l-d 6atn-d 6mk5-d 1tyk-d 2mld-d 1j5j-d 1dmc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25775

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kappa-theraphotoxin-Hm1a

4.01 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 300	MolProbity score
代表モデル	モデル #1	molprobity score

#1: タンパク質・ペプチド	Kappa-theraphotoxin-Hm1a / Kappa-TRTX-Hm1a / Heteroscodratoxin-1 / HmTx1 分子量: 4008.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Heteroscodra maculata (クモ) / 参照: UniProt: P60992
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	2D 1H-15N HSQC
1	4	1	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細	内容: 1.0 mM Hm1a, 95% H2O/5% D2O / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料	濃度: 1.0 mM / 構成要素: Hm1a-1
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
TopSpin	Bruker Biospin	collection
TopSpin	Bruker Biospin	解析
CcpNMR	CCPN	データ解析
CcpNMR	CCPN	chemical shift assignment
CcpNMR	CCPN	peak picking
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
TALOS	Cornilescu, Delaglio and Bax	dihedral angle estimation
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: molprobity score

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: MolProbity score / 計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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