PDB-2n63: Structure of C4VG16KRKP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2n63

タイトル

Structure of C4VG16KRKP

要素

antimicrobial peptide C4VG16KRKP

キーワード

DE NOVO PROTEIN / ANTIMICROBIAL PROTEIN / lipidated peptide / designed antimicrobial peptide

機能・相同性

PENTANOIC ACID

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

溶液NMR / distance geometry

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Bhunia, A. / Datta, A.

引用

ジャーナル: J Colloid Interface Sci / 年: 2016
タイトル: Designing potent antimicrobial peptides by disulphide linked dimerization and N-terminal lipidation to increase antimicrobial activity and membrane perturbation: Structural insights ...
著者: Datta, A. / Kundu, P. / Bhunia, A.

履歴

登録	2015年8月11日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年1月24日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2n63.cif.gz	117.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2n63.ent.gz	86.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2n63.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/2n63 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/2n63	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2n65C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1lv4-d 2lti-d 2jus-d 5oqz-d 1edp-d 2n6u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25749

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: antimicrobial peptide C4VG16KRKP

ヘテロ分子

1.87 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	antimicrobial peptide C4VG16KRKP 分子量: 1765.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-LEA / PENTANOIC ACID / VALERIC ACID / 吉草酸分子量: 102.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀O₂
配列の詳細	A SEQUENCE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THE FIRST RESIDUE IS C4-ACYL GROUP ...A SEQUENCE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THE FIRST RESIDUE IS C4-ACYL GROUP FOR ACETYLATION

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-1H trNOESY

-
試料調製

詳細

内容: 55.5 mM D2O-1, 55.5 mM H2O-2, 1 mM entity (C4VG16KRKP)-3, 0.5 mM TSP-4, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
55.5 mM	D2O-1	1
55.5 mM	H2O-2	1
1 mM	entity (C4VG16KRKP)-3	1
0.5 mM	TSP-4	1

試料状態

イオン強度: 0 / pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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新型コロナ情報

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