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万見
- PDB-2n3d: Atomic structure of the cytoskeletal bactofilin BacA revealed by ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n3d
タイトルAtomic structure of the cytoskeletal bactofilin BacA revealed by solid-state NMR
要素Bactofilin A
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / BacA / Bactofilin / cell shape / cytoskeleton / beta helix
機能・相同性Bactofilin A/B / Polymer-forming cytoskeletal / Bactofilin A
機能・相同性情報
生物種Caulobacter crescentus (バクテリア)
手法個体NMR / simulated annealing
データ登録者Shi, C. / Fricke, P. / Lin, L. / Chevelkov, V. / Wegstroth, M. / Giller, K. / Becker, S. / Thanbichler, M. / Lange, A.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2015
タイトル: Atomic-resolution structure of cytoskeletal bactofilin by solid-state NMR.
著者: Shi, C. / Fricke, P. / Lin, L. / Chevelkov, V. / Wegstroth, M. / Giller, K. / Becker, S. / Thanbichler, M. / Lange, A.
履歴
登録2015年5月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月6日Group: Database references
改定 1.22016年2月3日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bactofilin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3701
ポリマ－19,3701
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Bactofilin A


分子量: 19369.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter crescentus (バクテリア)
株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: bacA, CC_1873 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A753

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111PDSD
1213D NCACX
1313D NCOCX
1413D NCOCA
1513D NCACO
162PDSD
172PDSD
183PDSD
193PDSD
11032D NHHC
21143D (H)CANH
21243D (H)CONH
21343D (H)CACO(N)H
21443D (H)COCA(N)H
21543D (H)CA(CO)NH
21644D HN(H)(H)NH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
195 % [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 20 mM TRIS, 0.1 % DSS, 100% H2O100% H2O
295 % [2- 13C] Glycerol protein, 20 mM TRIS, 0.1 % DSS, 100% H2O100% H2O
395 % [1,3- 13C] Glycerol protein, 20 mM TRIS, 0.1 % DSS, 100% H2O100% H2O
495 % [U-100% 13C; U-100% 15N; U-100% 2H] protein, 50 mM TRIS, 0.1 % DSS, 0.5 mM EDTA, 1 mM DTT, 100% H2O100% H2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
95 %protein-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMTRIS-21
0.1 %DSS-41
95 %protein-5[2- 13C] Glycerol2
20 mMTRIS-62
0.1 %DSS-82
95 %protein-9[1,3- 13C] Glycerol3
20 mMTRIS-103
0.1 %DSS-123
95 %protein-13[U-100% 13C; U-100% 15N; U-100% 2H]4
50 mMTRIS-144
0.1 %DSS-164
0.5 mMEDTA-174
1 mMDTT-184
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
120 7.5 ambient 277 K
250 8.0 ambient 301 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Bruker AvanceBrukerAVANCE9003
Bruker AvanceBrukerAVANCE8504

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky3.114Goddardchemical shift calculation
Sparky3.114Goddardchemical shift assignment
Sparky3.114Goddardpeak picking
CCPN2.4CCPNchemical shift calculation
CCPN2.4CCPNchemical shift assignment
CCPN2.4CCPNpeak picking
TopSpinBruker Biospinchemical shift calculation
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
X-PLOR NIH2.37Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorechemical shift assignment
X-PLOR NIH2.37Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.37Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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