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万見
- PDB-2n34: NMR assignments and solution structure of the JAK interaction reg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n34
タイトルNMR assignments and solution structure of the JAK interaction region of SOCS5
要素Suppressor of cytokine signaling 5
キーワードSIGNALING PROTEIN / Suppressor of cytokine Signalling / JAK interaction region / Intrinsically unstructured protein
機能・相同性
機能・相同性情報


vascular endothelial cell response to fluid shear stress / negative regulation of endothelial cell activation / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / kinase inhibitor activity / Neddylation / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / epidermal growth factor receptor binding ...vascular endothelial cell response to fluid shear stress / negative regulation of endothelial cell activation / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / kinase inhibitor activity / Neddylation / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / epidermal growth factor receptor binding / negative regulation of interleukin-6 production / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of signal transduction / receptor tyrosine kinase binding / negative regulation of inflammatory response / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / intracellular signal transduction / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SOCS5, SOCS box domain / SOCS4/SOCS5 domain / Suppressor of cytokine signalling / suppressors of cytokine signalling / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / SH2 domain ...SOCS5, SOCS box domain / SOCS4/SOCS5 domain / Suppressor of cytokine signalling / suppressors of cytokine signalling / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Suppressor of cytokine signaling 5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Chandrashekaran, I.R. / Mohanty, B. / Linossi, E.M. / Nicholson, S.E. / Babon, J. / Norton, R.S. / Dagley, L.F. / Leung, E.W.W. / Murphy, J.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Structure and Functional Characterization of the Conserved JAK Interaction Region in the Intrinsically Disordered N-Terminus of SOCS5.
著者: Chandrashekaran, I.R. / Mohanty, B. / Linossi, E.M. / Dagley, L.F. / Leung, E.W. / Murphy, J.M. / Babon, J.J. / Nicholson, S.E. / Norton, R.S.
履歴
登録2015年5月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
置き換え2015年7月29日ID: 2MP6
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Suppressor of cytokine signaling 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1171
ポリマ－8,1171
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Suppressor of cytokine signaling 5 / SOCS-5 / Cytokine-inducible SH2-containing protein 5


分子量: 8116.516 Da / 分子数: 1 / 断片: JAK interaction region (UNP residues 175-244) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cish5, Socs5 / プラスミド: pGEX2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O54928

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCA
1413D HN(CO)CA
1513D HN(CA)CB
1613D CBCA(CO)NH
1713D HBHA(CO)NH
1813D H(CCO)NH
1913D C(CO)NH
11013D 1H-15N NOESY
11113D 1H-13C NOESY aliphatic
11213D 1H-13C NOESY aromatic
11312D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細内容: 0.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SOCS5 JIR, 5 mM TCEP, 20 mM Sodium citrate, 0.02 % sodium azide, 94% H2O/6% D2O
溶媒系: 94% H2O/6% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.3 mMSOCS5 JIR-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
5 mMTCEP-21
20 mMSodium citrate-31
0.02 %sodium azide-41
試料状態イオン強度: 0.02 / pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.2Bruker Biospin解析
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
NMRPipe3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewv8.2.33Johnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewv8.2.33Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
SparkyGoddardデータ解析
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
ATNOSHerrmann,Guntert,Wuthrichデータ解析
CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrichデータ解析
CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrichnoe assignment
OPALpLuginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 450 / NOE intraresidue total count: 189 / NOE long range total count: 18 / NOE medium range total count: 45 / NOE sequential total count: 198
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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