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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2n2s | ||||||
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タイトル | NMR solution structure of the pheromone Ep-1 from Euplotes petzi | ||||||
要素 | pheromone Ep-1 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / WATER-BORNE PHEROMONE / ALPHA-HELICAL PROTEIN / DISULPHIDE-RICH PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | Pheromone Ep-1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Euplotes petzi (真核生物) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Pedrini, B. / Vallesi, A. / Alimenti, C. / Luporini, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: NMR solution structure of the pheromone Ep-1 from Euplotes petzi 著者: Vallesi, A. / Alimenti, C. / Pedrini, B. / Luporini, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2n2s.cif.gz | 171.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2n2s.ent.gz | 122 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2n2s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2n2s_validation.pdf.gz | 445.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2n2s_full_validation.pdf.gz | 609.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2n2s_validation.xml.gz | 26.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2n2s_validation.cif.gz | 29.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/2n2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/2n2s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3180.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: Harvested in 2005 at Adelie Cove, Terra Nova Bay (Ross Sea, Antarctica), S74 46'/E164 00' 由来: (天然) Euplotes petzi (真核生物) / 株: Ad-Cov3 / 参照: UniProt: A0A182DV16*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.25 mM Ep, 95% H2O/5% D2O / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O |
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試料 | 濃度: 0.25 mM / 構成要素: Ep-1-1 |
試料状態 | イオン強度: 0.06 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 293 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 372 / NOE intraresidue total count: 71 / NOE long range total count: 61 / NOE medium range total count: 130 / NOE sequential total count: 110 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |