+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2n2f | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Solution NMR structure of Dynorphin 1-13 bound to Kappa Opioid Receptor | ||||||
![]() | Dynorphin A(1-13) | ||||||
![]() | HORMONE RECEPTOR / GPCR | ||||||
機能・相同性 | ![]() opioid receptor binding / opioid peptide activity / Opioid Signalling / sensory perception / neuronal dense core vesicle / neuropeptide signaling pathway / axon terminus / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / Peptide ligand-binding receptors / G-protein activation ...opioid receptor binding / opioid peptide activity / Opioid Signalling / sensory perception / neuronal dense core vesicle / neuropeptide signaling pathway / axon terminus / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / Peptide ligand-binding receptors / G-protein activation / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / neuronal cell body / dendrite / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics | ||||||
Model details | fewest violations, model2 | ||||||
![]() | O'Connor, C. / White, K. / Doncescu, N. / Didenko, T. / Roth, B.L. / Czaplicki, G. / Stevens, R.C. / Wuthrich, K. / Milon, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: NMR structure and dynamics of the agonist dynorphin peptide bound to the human kappa opioid receptor. 著者: O'Connor, C. / White, K.L. / Doncescu, N. / Didenko, T. / Roth, B.L. / Czaplicki, G. / Stevens, R.C. / Wuthrich, K. / Milon, A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 35.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 502.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
---|---|
その他のデータベース |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-
要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1608.995 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 207-219 / 由来タイプ: 合成 詳細: SYNTHESIS OF THE PEPTIDE WAS PERFORMED BY A SOLID PHASE METHOD USING FMOC CHEMISTRY. 由来: (合成) ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-
試料調製
詳細 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料状態 | pH: 6.1 / 圧: ambient / 温度: 280 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
|
---|
-
解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 56 / NOE medium range total count: 14 / NOE sequential total count: 42 / Protein phi angle constraints total count: 2 / Protein psi angle constraints total count: 2 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 10 | ||||||||||||||||||||||||||||
NMR ensemble rms | Distance rms dev: 0.2 Å |