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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2n1s | ||||||
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タイトル | Spatial Structure of Antimicrobial Peptide SmAMP2-2c from Seeds of Stellaria media | ||||||
要素 | AMP-2 | ||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN / Antimicrobial Peptide / ICK / cystine knot inhibitor / cystine knot | ||||||
機能・相同性 | Chitin-binding, type 1, conserved site / Chitin recognition protein / Chitin recognition or binding domain signature. / Chitin-binding type-1 domain profile. / Chitin binding domain / Chitin-binding, type 1 / Endochitinase-like superfamily / chitin binding / Antimicrobial peptide 2 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Stellaria media (コハコベ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | fewest violations, model1 | ||||||
データ登録者 | Bozin, T.N. / Bocharov, E.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Common chickweed (Stellaria media) antifungal peptides with chitin-binding domain provide unique plant defense strategy. 著者: Vassilevski, A.A. / Bozin, T.N. / Musolyamov, A.K. / Panova, S.V. / Slavokhotova, A.A. / Mitkevich, V.A. / Finkina, E.I. / Nikonorova, A.K. / Ovchinnikova, T.V. / Arseniev, A.S. / Babakov, A. ...著者: Vassilevski, A.A. / Bozin, T.N. / Musolyamov, A.K. / Panova, S.V. / Slavokhotova, A.A. / Mitkevich, V.A. / Finkina, E.I. / Nikonorova, A.K. / Ovchinnikova, T.V. / Arseniev, A.S. / Babakov, A.V. / Bocharov, E.V. / Grishin, E.V. / Egorov, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2n1s.cif.gz | 169.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2n1s.ent.gz | 126.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2n1s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2n1s_validation.pdf.gz | 382.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2n1s_full_validation.pdf.gz | 428.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2n1s_validation.xml.gz | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2n1s_validation.cif.gz | 14.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/2n1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/2n1s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3002.417 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 68-97 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Stellaria media (コハコベ) / 遺伝子: amp-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): (DE3) / 参照: UniProt: E1UYU0 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 |
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 237 / NOE intraresidue total count: 60 / NOE long range total count: 64 / NOE medium range total count: 43 / NOE sequential total count: 70 / Disulfide bond constraints total count: 18 / Hydrogen bond constraints total count: 64 / Protein chi angle constraints total count: 16 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 25 / Protein psi angle constraints total count: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.03 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 3.08 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.39 Å |