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万見
- PDB-2n1s: Spatial Structure of Antimicrobial Peptide SmAMP2-2c from Seeds o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n1s
タイトルSpatial Structure of Antimicrobial Peptide SmAMP2-2c from Seeds of Stellaria media
要素AMP-2
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Antimicrobial Peptide / ICK / cystine knot inhibitor / cystine knot
機能・相同性Chitin-binding, type 1, conserved site / Chitin recognition protein / Chitin recognition or binding domain signature. / Chitin-binding type-1 domain profile. / Chitin binding domain / Chitin-binding, type 1 / Endochitinase-like superfamily / chitin binding / Antimicrobial peptide 2
機能・相同性情報
生物種Stellaria media (コハコベ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model1
データ登録者Bozin, T.N. / Bocharov, E.V.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Common chickweed (Stellaria media) antifungal peptides with chitin-binding domain provide unique plant defense strategy.
著者: Vassilevski, A.A. / Bozin, T.N. / Musolyamov, A.K. / Panova, S.V. / Slavokhotova, A.A. / Mitkevich, V.A. / Finkina, E.I. / Nikonorova, A.K. / Ovchinnikova, T.V. / Arseniev, A.S. / Babakov, A. ...著者: Vassilevski, A.A. / Bozin, T.N. / Musolyamov, A.K. / Panova, S.V. / Slavokhotova, A.A. / Mitkevich, V.A. / Finkina, E.I. / Nikonorova, A.K. / Ovchinnikova, T.V. / Arseniev, A.S. / Babakov, A.V. / Bocharov, E.V. / Grishin, E.V. / Egorov, T.A.
履歴
登録2015年4月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMP-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,0021
ポリマ－3,0021
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド AMP-2


分子量: 3002.417 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 68-97 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Stellaria media (コハコベ) / 遺伝子: amp-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): (DE3) / 参照: UniProt: E1UYU0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D DQF-COSY
1222D 1H-13C HSQC
1332D 1H-1H NOESY
3432D 1H-1H TOCSY
1512D 1H-1H TOCSY
2612D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM SmAMP2-2c, 20 mM sodium acetate, 30 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8 mM SmAMP2-2c, 20 mM sodium acetate, 30 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
32 mM SmAMP2-2c, 10 mM sodium acetate, 70 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
0.8 mMSmAMP2-2c-11
20 mMsodium acetate-21
30 mMsodium chloride-31
0.8 mMSmAMP2-2c-42
20 mMsodium acetate-52
30 mMsodium chloride-62
2 mMSmAMP2-2c-73
10 mMsodium acetate-83
70 mMsodium chloride-93
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.084.5ambient 303 K
20.054.5ambient 283 K
30.054.5ambient 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX7002
Bruker DRXBrukerDRX8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichmolecule viewer
CYANA2.1Guntert, Braun and Wuthrich構造決定
ACMEDelaglio, Zhengrong and Baxj-coupling measurement
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANAKeller and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 237 / NOE intraresidue total count: 60 / NOE long range total count: 64 / NOE medium range total count: 43 / NOE sequential total count: 70 / Disulfide bond constraints total count: 18 / Hydrogen bond constraints total count: 64 / Protein chi angle constraints total count: 16 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 25 / Protein psi angle constraints total count: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.03 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 3.08 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.39 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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