PDB-2n0v: Backbone 1H, Chemical Shift Assignments for Cn-APM1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2n0v

タイトル

Backbone 1H, Chemical Shift Assignments for Cn-APM1

要素

Antimicrobial peptide 1

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN

機能・相同性

defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular space / Antimicrobial peptide 1

機能・相同性情報

生物種

Cocos nucifera (ココヤシ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Santana, M.J. / Oliveira, A.L. / Queiroz Jr., L.K. / Mandal, S.M. / Matos, C.O. / Dias, R.O. / Franco, O.L. / Liao, L.M.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2015
タイトル: Structural insights into Cn-AMP1, a short disulfide-free multifunctional peptide from green coconut water.
著者: Santana, M.J. / de Oliveira, A.L. / Queiroz Junior, L.H. / Mandal, S.M. / Matos, C.O. / Dias, R.O. / Franco, O.L. / Liao, L.M.

履歴

登録	2015年3月17日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2n0v.cif.gz	45.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2n0v.ent.gz	30.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2n0v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2n0v_validation.pdf.gz	419.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2n0v_full_validation.pdf.gz	479 KB	表示
XML形式データ	2n0v_validation.xml.gz	6.6 KB	表示
CIF形式データ	2n0v_validation.cif.gz	8.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/2n0v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/2n0v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25537

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Antimicrobial peptide 1

875 Da, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Antimicrobial peptide 1 / Cn-AMP1 分子量: 875.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Cocos nucifera (ココヤシ) / 参照: UniProt: P86705

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using a combination of NOE and residual dipolar coupling data

-
試料調製

詳細	内容: 1.0 mM Peptide, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1.0 mM / 構成要素: Peptide-1
試料状態	pH: 3.97 / 圧: ambient / 温度: 298.15 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR NIH	2.38	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	chemical shift assignment
X-PLOR NIH	2.38	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	データ解析
X-PLOR NIH			精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 118 / NOE intraresidue total count: 43 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 42 / NOE sequential total count: 33

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.5 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.5 Å / 代表コンフォーマー: 1

NMR ensemble rms

Distance rms dev: 0.43 Å / Distance rms dev error: 0.16 Å

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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