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万見
- PDB-2n0k: Chemical shift assignments and structure of the alpha-crystallin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n0k
タイトルChemical shift assignments and structure of the alpha-crystallin domain from human, HSPB5
要素Alpha-crystallin B chain
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / crystallin / human / ACD / Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of programmed cell death / cardiac myofibril / tubulin complex assembly / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye ...microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of programmed cell death / cardiac myofibril / tubulin complex assembly / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye / muscle organ development / actin filament bundle / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / HSF1-dependent transactivation / negative regulation of protein-containing complex assembly / stress-activated MAPK cascade / muscle contraction / synaptic membrane / response to hydrogen peroxide / cellular response to gamma radiation / negative regulation of cell growth / Z disc / unfolded protein binding / response to estradiol / protein folding / amyloid-beta binding / response to heat / protein refolding / perikaryon / microtubule binding / dendritic spine / response to hypoxia / lysosome / protein stabilization / axon / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / structural molecule activity / cell surface / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha-crystallin B chain, ACD domain / : / Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone ...Alpha-crystallin B chain, ACD domain / : / Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-crystallin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model1
データ登録者Rajagopal, P. / Klevit, R.E. / Shi, L. / Baker, D.
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: A conserved histidine modulates HSPB5 structure to trigger chaperone activity in response to stress-related acidosis.
著者: Rajagopal, P. / Tse, E. / Borst, A.J. / Delbecq, S.P. / Shi, L. / Southworth, D.R. / Klevit, R.E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: alphaB-crystallin: a hybrid solid-state/solution-state NMR investigation reveals structural aspects of the heterogeneous oligomer.
著者: Jehle, S. / van Rossum, B. / Stout, J.R. / Noguchi, S.M. / Falber, K. / Rehbein, K. / Oschkinat, H. / Klevit, R.E. / Rajagopal, P.
#2: ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2010
タイトル: Solid-state NMR and SAXS studies provide a structural basis for the activation of alphaB-crystallin oligomers.
著者: Stefan Jehle / Ponni Rajagopal / Benjamin Bardiaux / Stefan Markovic / Ronald Kühne / Joseph R Stout / Victoria A Higman / Rachel E Klevit / Barth-Jan van Rossum / Hartmut Oschkinat /
要旨: The small heat shock protein alphaB-crystallin (alphaB) contributes to cellular protection against stress. For decades, high-resolution structural studies on oligomeric alphaB have been confounded by ...The small heat shock protein alphaB-crystallin (alphaB) contributes to cellular protection against stress. For decades, high-resolution structural studies on oligomeric alphaB have been confounded by its polydisperse nature. Here, we present a structural basis of oligomer assembly and activation of the chaperone using solid-state NMR and small-angle X-ray scattering (SAXS). The basic building block is a curved dimer, with an angle of approximately 121 degrees between the planes of the beta-sandwich formed by alpha-crystallin domains. The highly conserved IXI motif covers a substrate binding site at pH 7.5. We observe a pH-dependent modulation of the interaction of the IXI motif with beta4 and beta8, consistent with a pH-dependent regulation of the chaperone function. N-terminal region residues Ser59-Trp60-Phe61 are involved in intermolecular interaction with beta3. Intermolecular restraints from NMR and volumetric restraints from SAXS were combined to calculate a model of a 24-subunit alphaB oligomer with tetrahedral symmetry.
#3: ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2011
タイトル: N-terminal domain of alphaB-crystallin provides a conformational switch for multimerization and structural heterogeneity.
著者: Stefan Jehle / Breanna S Vollmar / Benjamin Bardiaux / Katja K Dove / Ponni Rajagopal / Tamir Gonen / Hartmut Oschkinat / Rachel E Klevit /
要旨: The small heat shock protein (sHSP) αB-crystallin (αB) plays a key role in the cellular protection system against stress. For decades, high-resolution structural studies on heterogeneous sHSPs have ...The small heat shock protein (sHSP) αB-crystallin (αB) plays a key role in the cellular protection system against stress. For decades, high-resolution structural studies on heterogeneous sHSPs have been confounded by the polydisperse nature of αB oligomers. We present an atomic-level model of full-length αB as a symmetric 24-subunit multimer based on solid-state NMR, small-angle X-ray scattering (SAXS), and EM data. The model builds on our recently reported structure of the homodimeric α-crystallin domain (ACD) and C-terminal IXI motif in the context of the multimer. A hierarchy of interactions contributes to build multimers of varying sizes: Interactions between two ACDs define a dimer, three dimers connected by their C-terminal regions define a hexameric unit, and variable interactions involving the N-terminal region define higher-order multimers. Within a multimer, N-terminal regions exist in multiple environments, contributing to the heterogeneity observed by NMR. Analysis of SAXS data allows determination of a heterogeneity parameter for this type of system. A mechanism of multimerization into higher-order asymmetric oligomers via the addition of up to six dimeric units to a 24-mer is proposed. The proposed asymmetric multimers explain the homogeneous appearance of αB in negative-stain EM images and the known dynamic exchange of αB subunits. The model of αB provides a structural basis for understanding known disease-associated missense mutations and makes predictions concerning substrate binding and the reported fibrilogenesis of αB.
履歴
登録2015年3月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 1.22017年2月15日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-crystallin B chain
B: Alpha-crystallin B chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4012
ポリマ－20,4012
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)9 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Alpha-crystallin B chain / Alpha(B)-crystallin / Heat shock protein beta-5 / HspB5 / Renal carcinoma antigen NY-REN-27 / ...Alpha(B)-crystallin / Heat shock protein beta-5 / HspB5 / Renal carcinoma antigen NY-REN-27 / Rosenthal fiber component


分子量: 10200.497 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 64-152 / 変異: N146D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRYA2, CRYAB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P02511

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
2222D 1H-15N HSQC
1322D 1H-15N HSQC
1413D 1H-15N NOESY
1542D 1H-13C HSQC aliphatic
1642D 1H-13C HSQC aromatic
1723D HN(CA)CB
1823D HBHA(CO)NH
1923D HNCO
11023D HNCA
11123D HN(CO)CA
11223D HN(COCA)CB
11343D (H)CCH-TOCSY
11453D H(CCO)NH
11553D C(CO)NH
NMR実験の詳細Text: Solution structure was determined with NOEs and RDCs.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HSPB5-ACD, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, .1 mM EDTA, 1 mM PMSF, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] HSPB5-ACD, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, .1 mM EDTA, 1 mM PMSF, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] HSPB5-ACD, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, .1 mM EDTA, 1 mM PMSF, 14 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HSPB5-ACD, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, .1 mM EDTA, 1 mM PMSF, 100% D2O100% D2O
51.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; 50% 2H] HSPB5-ACD, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, .1 mM EDTA, 1 mM PMSF, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMHSPB5-ACD-1[U-100% 13C; U-100% 15N]0.2-1.01
50 mMsodium phosphate-21
100 mMsodium chloride-31
.1 mMEDTA-41
1 mMPMSF-51
mMHSPB5-ACD-6[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]0.2-1.02
50 mMsodium phosphate-72
100 mMsodium chloride-82
.1 mMEDTA-92
1 mMPMSF-102
mMHSPB5-ACD-11[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]0.2-1.03
50 mMsodium phosphate-123
100 mMsodium chloride-133
.1 mMEDTA-143
1 mMPMSF-153
14 mg/mLPf1 phage-163
1.0 mMHSPB5-ACD-17[U-100% 13C; U-100% 15N]4
50 mMsodium phosphate-184
100 mMsodium chloride-194
.1 mMEDTA-204
1 mMPMSF-214
1.0 mMHSPB5-ACD-22[U-100% 13C; U-100% 15N; 50% 2H]5
50 mMsodium phosphate-235
100 mMsodium chloride-245
.1 mMEDTA-255
1 mMPMSF-265
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
11007.5ambient 295 K
21006.5ambient 295 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE5003
Bruker AvanceBrukerAVANCE9004

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionepeak picking
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Bax構造決定
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Baxchemical shift assignment
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Baxpeak picking
RosettaOligomer(RosettaOligomer)-Sgourakis, Lange, DiMaio, Andre, Fitzkee, Rossi, Montelione, Bax, Baker構造決定
RosettaOligomer(RosettaOligomer)-Sgourakis, Lange, DiMaio, Andre, Fitzkee, Rossi, Montelione, Bax, Bakerchemical shift assignment
RosettaOligomer(RosettaOligomer)-Sgourakis, Lange, DiMaio, Andre, Fitzkee, Rossi, Montelione, Bax, Bakerpeak picking
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax精密化
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxpeak picking
GUARDD(GUARDD)-Kleckner, Fosterデータ解析
GUARDD(GUARDD)-Kleckner, Fosterchemical shift assignment
GUARDD(GUARDD)-Kleckner, Fosterpeak picking
RosettaOligomer精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 838 / NOE intraresidue total count: 310 / NOE long range total count: 188 / NOE medium range total count: 85 / NOE sequential total count: 255 / Protein phi angle constraints total count: 72 / Protein psi angle constraints total count: 72
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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