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- PDB-2mzz: NMR structure of APOBEC3G NTD variant, sNTD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mzz
タイトルNMR structure of APOBEC3G NTD variant, sNTD
要素Apolipoprotein B mRNA-editing enzyme, catalytic polypeptide-like 3G variant
キーワードHydrolase / Antiviral protein / Vif-binding domain
生物種artificial gene (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsminimized average structure, model1
Model type detailsminimized average
データ登録者Kouno, T. / Luengas, E.M. / Shigematu, M. / Shandilya, S.M.D. / Zhang, J. / Chen, L. / Hara, M. / Schiffer, C.A. / Harris, R.S. / Matsuo, H.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure of the Vif-binding domain of the antiviral enzyme APOBEC3G.
著者: Kouno, T. / Luengas, E.M. / Shigematsu, M. / Shandilya, S.M. / Zhang, J. / Chen, L. / Hara, M. / Schiffer, C.A. / Harris, R.S. / Matsuo, H.
履歴
登録2015年2月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Database references
改定 1.22015年7月1日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apolipoprotein B mRNA-editing enzyme, catalytic polypeptide-like 3G variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3812
ポリマ－21,3161
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

-
要素

#1: タンパク質 Apolipoprotein B mRNA-editing enzyme, catalytic polypeptide-like 3G variant


分子量: 21316.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) artificial gene (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N TROSY
1223D HNCA-TROSY
1323D HN(CO)CA-TROSY
1423D HNCO-TROSY
1523D HN(CA)CO-TROSY
1623D HN(CA)CB-TROSY
1723D HN(CO)CACB-TROSY
1833D 15N-edited NOESY
1942D 1H-15N TROSY
11052D 1H-15N TROSY
11162D 1H-15N TROSY
11272D 1H-15N TROSY
11382D 1H-15N TROSY
11492D 1H-15N TROSY
115102D 1H-13C HSQC
116112D 1H-13C HSQC
117122D 1H-13C HSQC
118132D 1H-13C HSQC
119142D 1H-13C HSQC
120152D 1H-13C HSQC
121162D 1H-13C HSQC
122172D 1H-13C HSQC
123182D 1H-13C HSQC
124192D 1H-13C HSQC
125102D 1H-1H NOESY
126112D 1H-1H NOESY
127122D 1H-1H NOESY
128132D 1H-1H NOESY
129142D 1H-1H NOESY
130152D 1H-1H NOESY
131162D 1H-1H NOESY
132172D 1H-1H NOESY
133182D 1H-1H NOESY
134192D 1H-1H NOESY
135202D 1H-1H NOESY
136212D 1H-1H NOESY
137222D 1H-1H NOESY
138232D 1H-1H NOESY
139242D 1H-1H NOESY
14033D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.15-0.20 mM [U-100% 15N; U-85% 2H] sNTD, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.005 % Tween 20, 0.5 mM TCEP, 0.01 % sodium azide, 0.5 M [U-98% 2H] Choline o-sulfate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.15-0.20 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-85% 2H] sNTD, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.005 % Tween 20, 0.5 mM TCEP, 0.01 % sodium azide, 0.5 M [U-98% 2H] Choline o-sulfate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.05-0.10 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-60% 2H] sNTD, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.005 % Tween 20, 0.5 mM TCEP, 0.01 % sodium azide, 0.5 M [U-98% 2H] Choline o-sulfate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
40.05-0.10 mM [U-80% 2H; 100% 15N-Arg] sNTD, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.005 % Tween 20, 0.5 mM TCEP, 0.01 % sodium azide, 0.5 M [U-98% 2H] Choline o-sulfate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
50.05-0.10 mM [U-80% 2H; 100% 15N-Ile] sNTD, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.005 % Tween 20, 0.5 mM TCEP, 0.01 % sodium azide, 0.5 M [U-98% 2H] Choline o-sulfate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
60.05-0.10 mM [U-80% 2H; 100% 15N-Leu] sNTD, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.005 % Tween 20, 0.5 mM TCEP, 0.01 % sodium azide, 0.5 M [U-98% 2H] Choline o-sulfate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
70.05-0.10 mM [U-80% 2H; 100% 15N-Lys] sNTD, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.005 % Tween 20, 0.5 mM TCEP, 0.01 % sodium azide, 0.5 M [U-98% 2H] Choline o-sulfate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
80.05-0.10 mM [U-80% 2H; 100% 15N-Phe] sNTD, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.005 % Tween 20, 0.5 mM TCEP, 0.01 % sodium azide, 0.5 M [U-98% 2H] Choline o-sulfate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
90.05-0.10 mM [U-80% 2H; 100% 15N-Tyr] sNTD, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.005 % Tween 20, 0.5 mM TCEP, 0.01 % sodium azide, 0.5 M [U-98% 2H] Choline o-sulfate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
100.05-0.10 mM [U-80% 2H; 100% 1H, 100% 13C-Ala] sNTD, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.005 % Tween 20, 0.5 mM TCEP, 0.01 % sodium azide, 0.5 M [U-98% 2H] Choline o-sulfate, 100% D2O100% D2O
110.05-0.10 mM [U-80% 2H; 100% 1H, 100% 13C-Arg] sNTD, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.005 % Tween 20, 0.5 mM TCEP, 0.01 % sodium azide, 0.5 M [U-98% 2H] Choline o-sulfate, 100% D2O100% D2O
120.05-0.10 mM [U-80% 2H; 100% 1H, 100% 13C-Ile] sNTD, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.005 % Tween 20, 0.5 mM TCEP, 0.01 % sodium azide, 0.5 M [U-98% 2H] Choline o-sulfate, 100% D2O100% D2O
130.05-0.10 mM [U-80% 2H; 100% 1H, 100% 13C-Leu] sNTD, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.005 % Tween 20, 0.5 mM TCEP, 0.01 % sodium azide, 0.5 M [U-98% 2H] Choline o-sulfate, 100% D2O100% D2O
140.05-0.10 mM [U-80% 2H; 100% 1H, 100% 13C-Lys] sNTD, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.005 % Tween 20, 0.5 mM TCEP, 0.01 % sodium azide, 0.5 M [U-98% 2H] Choline o-sulfate, 100% D2O100% D2O
150.05-0.10 mM [U-80% 2H; 100% 1H, 100% 13C-Met] sNTD, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.005 % Tween 20, 0.5 mM TCEP, 0.01 % sodium azide, 0.5 M [U-98% 2H] Choline o-sulfate, 100% D2O100% D2O
160.05-0.10 mM [U-80% 2H; 100% 1H, 100% 13C-Phe] sNTD, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.005 % Tween 20, 0.5 mM TCEP, 0.01 % sodium azide, 0.5 M [U-98% 2H] Choline o-sulfate, 100% D2O100% D2O
170.05-0.10 mM [U-80% 2H; 100% 1H, 100% 13C-Thr] sNTD, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.005 % Tween 20, 0.5 mM TCEP, 0.01 % sodium azide, 0.5 M [U-98% 2H] Choline o-sulfate, 100% D2O100% D2O
180.05-0.10 mM [U-80% 2H; 100% 1H, 100% 13C-Tyr] sNTD, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.005 % Tween 20, 0.5 mM TCEP, 0.01 % sodium azide, 0.5 M [U-98% 2H] Choline o-sulfate, 100% D2O100% D2O
190.05-0.10 mM [U-80% 2H; 100% 1H, 100% 13C-Val] sNTD, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.005 % Tween 20, 0.5 mM TCEP, 0.01 % sodium azide, 0.5 M [U-98% 2H] Choline o-sulfate, 100% D2O100% D2O
200.05-0.10 mM [U-80% 2H; 100% 1H-Phe,Tyr,Ile] sNTD, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.005 % Tween 20, 0.5 mM TCEP, 0.01 % sodium azide, 0.5 M [U-98% 2H] Choline o-sulfate, 100% D2O100% D2O
210.05-0.10 mM [U-80% 2H; 100% 1H-Phe,Tyr,Leu] sNTD, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.005 % Tween 20, 0.5 mM TCEP, 0.01 % sodium azide, 0.5 M [U-98% 2H] Choline o-sulfate, 100% D2O100% D2O
220.05-0.10 mM [U-80% 2H; 100% 1H-Phe,Tyr,Val] sNTD, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.005 % Tween 20, 0.5 mM TCEP, 0.01 % sodium azide, 0.5 M [U-98% 2H] Choline o-sulfate, 100% D2O100% D2O
230.05-0.10 mM [U-80% 2H; 100% 1H-Trp,Ile,Leu,Val] sNTD, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.005 % Tween 20, 0.5 mM TCEP, 0.01 % sodium azide, 0.5 M [U-98% 2H] Choline o-sulfate, 100% D2O100% D2O
240.15-0.20 mM sNTD, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.005 % Tween 20, 0.5 mM TCEP, 0.01 % sodium azide, 0.5 M [U-98% 2H] Choline o-sulfate, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMsNTD-1[U-100% 15N; U-85% 2H]0.15-0.201
10 mMsodium phosphate-21
100 mMsodium chloride-31
0.005 %Tween 20-41
0.5 mMTCEP-51
0.01 %sodium azide-61
0.5 MCholine o-sulfate-7[U-98% 2H]1
mMsNTD-8[U-100% 13C; U-100% 15N; U-85% 2H]0.15-0.202
10 mMsodium phosphate-92
100 mMsodium chloride-102
0.005 %Tween 20-112
0.5 mMTCEP-122
0.01 %sodium azide-132
0.5 MCholine o-sulfate-14[U-98% 2H]2
mMsNTD-15[U-100% 13C; U-100% 15N; U-60% 2H]0.05-0.103
10 mMsodium phosphate-163
100 mMsodium chloride-173
0.005 %Tween 20-183
0.5 mMTCEP-193
0.01 %sodium azide-203
0.5 MCholine o-sulfate-21[U-98% 2H]3
mMsNTD-22[U-80% 2H; 100% 15N-Arg]0.05-0.104
10 mMsodium phosphate-234
100 mMsodium chloride-244
0.005 %Tween 20-254
0.5 mMTCEP-264
0.01 %sodium azide-274
0.5 MCholine o-sulfate-28[U-98% 2H]4
mMsNTD-29[U-80% 2H; 100% 15N-Ile]0.05-0.105
10 mMsodium phosphate-305
100 mMsodium chloride-315
0.005 %Tween 20-325
0.5 mMTCEP-335
0.01 %sodium azide-345
0.5 MCholine o-sulfate-35[U-98% 2H]5
mMsNTD-36[U-80% 2H; 100% 15N-Leu]0.05-0.106
10 mMsodium phosphate-376
100 mMsodium chloride-386
0.005 %Tween 20-396
0.5 mMTCEP-406
0.01 %sodium azide-416
0.5 MCholine o-sulfate-42[U-98% 2H]6
mMsNTD-43[U-80% 2H; 100% 15N-Lys]0.05-0.107
10 mMsodium phosphate-447
100 mMsodium chloride-457
0.005 %Tween 20-467
0.5 mMTCEP-477
0.01 %sodium azide-487
0.5 MCholine o-sulfate-49[U-98% 2H]7
mMsNTD-50[U-80% 2H; 100% 15N-Phe]0.05-0.108
10 mMsodium phosphate-518
100 mMsodium chloride-528
0.005 %Tween 20-538
0.5 mMTCEP-548
0.01 %sodium azide-558
0.5 MCholine o-sulfate-56[U-98% 2H]8
mMsNTD-57[U-80% 2H; 100% 15N-Tyr]0.05-0.109
10 mMsodium phosphate-589
100 mMsodium chloride-599
0.005 %Tween 20-609
0.5 mMTCEP-619
0.01 %sodium azide-629
0.5 MCholine o-sulfate-63[U-98% 2H]9
mMsNTD-64[U-80% 2H; 100% 1H, 100% 13C-Ala]0.05-0.1010
10 mMsodium phosphate-6510
100 mMsodium chloride-6610
0.005 %Tween 20-6710
0.5 mMTCEP-6810
0.01 %sodium azide-6910
0.5 MCholine o-sulfate-70[U-98% 2H]10
mMsNTD-71[U-80% 2H; 100% 1H, 100% 13C-Arg]0.05-0.1011
10 mMsodium phosphate-7211
100 mMsodium chloride-7311
0.005 %Tween 20-7411
0.5 mMTCEP-7511
0.01 %sodium azide-7611
0.5 MCholine o-sulfate-77[U-98% 2H]11
mMsNTD-78[U-80% 2H; 100% 1H, 100% 13C-Ile]0.05-0.1012
10 mMsodium phosphate-7912
100 mMsodium chloride-8012
0.005 %Tween 20-8112
0.5 mMTCEP-8212
0.01 %sodium azide-8312
0.5 MCholine o-sulfate-84[U-98% 2H]12
mMsNTD-85[U-80% 2H; 100% 1H, 100% 13C-Leu]0.05-0.1013
10 mMsodium phosphate-8613
100 mMsodium chloride-8713
0.005 %Tween 20-8813
0.5 mMTCEP-8913
0.01 %sodium azide-9013
0.5 MCholine o-sulfate-91[U-98% 2H]13
mMsNTD-92[U-80% 2H; 100% 1H, 100% 13C-Lys]0.05-0.1014
10 mMsodium phosphate-9314
100 mMsodium chloride-9414
0.005 %Tween 20-9514
0.5 mMTCEP-9614
0.01 %sodium azide-9714
0.5 MCholine o-sulfate-98[U-98% 2H]14
mMsNTD-99[U-80% 2H; 100% 1H, 100% 13C-Met]0.05-0.1015
10 mMsodium phosphate-10015
100 mMsodium chloride-10115
0.005 %Tween 20-10215
0.5 mMTCEP-10315
0.01 %sodium azide-10415
0.5 MCholine o-sulfate-105[U-98% 2H]15
mMsNTD-106[U-80% 2H; 100% 1H, 100% 13C-Phe]0.05-0.1016
10 mMsodium phosphate-10716
100 mMsodium chloride-10816
0.005 %Tween 20-10916
0.5 mMTCEP-11016
0.01 %sodium azide-11116
0.5 MCholine o-sulfate-112[U-98% 2H]16
mMsNTD-113[U-80% 2H; 100% 1H, 100% 13C-Thr]0.05-0.1017
10 mMsodium phosphate-11417
100 mMsodium chloride-11517
0.005 %Tween 20-11617
0.5 mMTCEP-11717
0.01 %sodium azide-11817
0.5 MCholine o-sulfate-119[U-98% 2H]17
mMsNTD-120[U-80% 2H; 100% 1H, 100% 13C-Tyr]0.05-0.1018
10 mMsodium phosphate-12118
100 mMsodium chloride-12218
0.005 %Tween 20-12318
0.5 mMTCEP-12418
0.01 %sodium azide-12518
0.5 MCholine o-sulfate-126[U-98% 2H]18
mMsNTD-127[U-80% 2H; 100% 1H, 100% 13C-Val]0.05-0.1019
10 mMsodium phosphate-12819
100 mMsodium chloride-12919
0.005 %Tween 20-13019
0.5 mMTCEP-13119
0.01 %sodium azide-13219
0.5 MCholine o-sulfate-133[U-98% 2H]19
mMsNTD-134[U-80% 2H; 100% 1H-Phe,Tyr,Ile]0.05-0.1020
10 mMsodium phosphate-13520
100 mMsodium chloride-13620
0.005 %Tween 20-13720
0.5 mMTCEP-13820
0.01 %sodium azide-13920
0.5 MCholine o-sulfate-140[U-98% 2H]20
mMsNTD-141[U-80% 2H; 100% 1H-Phe,Tyr,Leu]0.05-0.1021
10 mMsodium phosphate-14221
100 mMsodium chloride-14321
0.005 %Tween 20-14421
0.5 mMTCEP-14521
0.01 %sodium azide-14621
0.5 MCholine o-sulfate-147[U-98% 2H]21
mMsNTD-148[U-80% 2H; 100% 1H-Phe,Tyr,Val]0.05-0.1022
10 mMsodium phosphate-14922
100 mMsodium chloride-15022
0.005 %Tween 20-15122
0.5 mMTCEP-15222
0.01 %sodium azide-15322
0.5 MCholine o-sulfate-154[U-98% 2H]22
mMsNTD-155[U-80% 2H; 100% 1H-Trp,Ile,Leu,Val]0.05-0.1023
10 mMsodium phosphate-15623
100 mMsodium chloride-15723
0.005 %Tween 20-15823
0.5 mMTCEP-15923
0.01 %sodium azide-16023
0.5 MCholine o-sulfate-161[U-98% 2H]23
mMsNTD-1620.15-0.2024
10 mMsodium phosphate-16324
100 mMsodium chloride-16424
0.005 %Tween 20-16524
0.5 mMTCEP-16624
0.01 %sodium azide-16724
0.5 MCholine o-sulfate-168[U-98% 2H]24
試料状態pH: 7.3 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8502
Bruker AvanceBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxestimation of dihedral angles
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichdrawing structures
MacPyMolSchrodingerdrawing structures
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurevaluation of structure quality
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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