PDB-2mzu: Extending the eNOE data set of large proteins by evaluation of NO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mzu

タイトル

Extending the eNOE data set of large proteins by evaluation of NOEs with unresolved diagonals

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

キーワード

ISOMERASE / Cyclophilin A

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / virion binding ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / virion binding / Basigin interactions / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Calcineurin activates NFAT / viral release from host cell / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of viral genome replication / protein peptidyl-prolyl isomerization / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein dephosphorylation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / activation of protein kinase B activity / neutrophil chemotaxis / negative regulation of protein phosphorylation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of protein secretion / Assembly Of The HIV Virion / negative regulation of protein kinase activity / Budding and maturation of HIV virion / neuron differentiation / platelet activation / platelet aggregation / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / unfolded protein binding / integrin binding / protein folding / Platelet degranulation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to oxidative stress / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of MAPK cascade / response to hypoxia / positive regulation of protein phosphorylation / focal adhesion / apoptotic process / Neutrophil degranulation / protein-containing complex / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing

Model details

closest to the average, model20

データ登録者

Chi, C.N. / Strotz, D. / Riek, R. / Voegeli, B.

引用

ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2015
タイトル: Extending the eNOE data set of large proteins by evaluation of NOEs with unresolved diagonals.
著者: Chi, C.N. / Strotz, D. / Riek, R. / Vogeli, B.

履歴

登録	2015年2月24日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月27日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mzu.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mzu.ent.gz	953.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mzu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mzu_validation.pdf.gz	477.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mzu_full_validation.pdf.gz	673.2 KB	表示
XML形式データ	2mzu_validation.xml.gz	81.9 KB	表示
CIF形式データ	2mzu_validation.cif.gz	90.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/2mzu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/2mzu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5i43-2 2np1-2 2ywj-d 1yzg-d 1twl-d 1u18-1 4la3-1 4os0-2 4xmd-d 1sy0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25502

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (19) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (8) #33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (7) #6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (7) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (19)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (8)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
類似性 (7)
#6 - 2000年6月
HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease)
類似性 (7)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
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#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (1)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#128 - 2010年8月
インターフェロン (Interferons)
類似性 (1)
#94 - 2007年10月
スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

18 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	all calculated structures submitted
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / PPIase A / Cyclophilin A / Cyclosporin A-binding protein / Rotamase A / Peptidyl-prolyl cis-trans ...PPIase A / Cyclophilin A / Cyclosporin A-binding protein / Rotamase A / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / N-terminally processed 分子量: 18036.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIA, CYPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62937, peptidylprolyl isomerase

#1: タンパク質

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / PPIase A / Cyclophilin A / Cyclosporin A-binding protein / Rotamase A / Peptidyl-prolyl cis-trans ...

分子量: 18036.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIA, CYPA / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62937, peptidylprolyl isomerase

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	2	1	2D 1H-15N HSQC
1	3	1	3D HN(CA)CB

-
試料調製

詳細	内容: 1.5mm mM [U-100% 13C; U-100% 15N] sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1.5 mM / 構成要素: sodium phosphate-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態	イオン強度: 0.15 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 299 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software	名称: CYANA / 開発者: Guntert P. / 分類: 精密化
精密化	手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造	選択基準: closest to the average
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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