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- PDB-2mys: MYOSIN SUBFRAGMENT-1, ALPHA CARBON COORDINATES ONLY FOR THE TWO L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mys
タイトルMYOSIN SUBFRAGMENT-1, ALPHA CARBON COORDINATES ONLY FOR THE TWO LIGHT CHAINS
要素(MYOSIN) x 3
キーワードMUSCLE PROTEIN / MYOSIN SUBFRAGMENT-1 / MYOSIN HEAD / MOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of myosin II filament assembly / contractile muscle fiber / Striated Muscle Contraction / myosin filament / myosin complex / myosin II complex / microfilament motor activity / myofibril / skeletal muscle tissue development / muscle contraction ...regulation of myosin II filament assembly / contractile muscle fiber / Striated Muscle Contraction / myosin filament / myosin complex / myosin II complex / microfilament motor activity / myofibril / skeletal muscle tissue development / muscle contraction / actin filament binding / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4820 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #820 / Myosin VI head, motor domain, U50 subdomain / Myosin S1 fragment, N-terminal / : / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / EF-hand domain / Kinesin motor domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Kinesin ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4820 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #820 / Myosin VI head, motor domain, U50 subdomain / Myosin S1 fragment, N-terminal / : / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / EF-hand domain / Kinesin motor domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Kinesin / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / : / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / EF-hand, calcium binding motif / SH3 type barrels. / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin light chain 1, skeletal muscle isoform / Myosin light chain 3, skeletal muscle isoform / Myosin regulatory light chain 11 / Myosin heavy chain, skeletal muscle, adult
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rayment, I. / Holden, H.M.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1993
タイトル: Three-dimensional structure of myosin subfragment-1: a molecular motor.
著者: Rayment, I. / Rypniewski, W.R. / Schmidt-Base, K. / Smith, R. / Tomchick, D.R. / Benning, M.M. / Winkelmann, D.A. / Wesenberg, G. / Holden, H.M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: X-Ray Structures of the Myosin Motor Domain of Dictyostelium Discoideum Complexed with Mgadp.Befx and Mgadp.Alf4-
著者: Fisher, A.J. / Smith, C.A. / Thoden, J.B. / Smith, R. / Sutoh, K. / Holden, H.M. / Rayment, I.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: X-Ray Structure of the Magnesium(II)-Pyrophosphate Complex of the Truncated Head of Dictyostelium Discoideum Myosin to 2.7 A Resolution
著者: Smith, C.A. / Rayment, I.
履歴
登録1996年6月27日処理サイト: BNL
置き換え1997年1月11日ID: 1MYS
改定 1.01997年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOSIN
B: MYOSIN
C: MYOSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,6715
ポリマ－131,5513
非ポリマー1202
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.400, 124.200, 274.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 MYOSIN


分子量: 96880.750 Da / 分子数: 1 / 断片: SUBFRAGMENT-1 / 由来タイプ: 天然
詳細: PROTEOLYTIC FRAGMENT OF MYOSIN GENERATED BY PAPAIN DIGESTION
由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: SKELETAL / 組織: PECTORALIS MUSCLE / 参照: UniProt: P13538
#2: タンパク質 MYOSIN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 18329.598 Da / 分子数: 1 / 断片: SUBFRAGMENT-1 / 由来タイプ: 天然
詳細: PROTEOLYTIC FRAGMENT OF MYOSIN GENERATED BY PAPAIN DIGESTION
由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: SKELETAL / 組織: PECTORALIS MUSCLE / 参照: UniProt: P02609
#3: タンパク質 MYOSIN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 16340.213 Da / 分子数: 1 / 断片: SUBFRAGMENT-1 / 由来タイプ: 天然
詳細: PROTEOLYTIC FRAGMENT OF MYOSIN GENERATED BY PAPAIN DIGESTION
由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: SKELETAL / 組織: PECTORALIS MUSCLE / 参照: UniProt: P02605, UniProt: P02604*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.46 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.7 / 手法: batch method / 詳細: macroseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.35 Mammonium salfate11
2500 mMpotassium chloride11
350 mMpotassium phosphate11
45 mMdithiothreitol12
50.5 mM12
68-12 mg/mlprtein12

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.053
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 4.5 Å / Num. obs: 36781 / Num. measured all: 178986 / Rmerge(I) obs: 0.092

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TNT精密化
XDSデータ削減
ROSSMANNSOFTWAREデータ削減
CCP4データスケーリング
精密化解像度: 2.8→30 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rwork0.223 -
obs-36781
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6782 0 6 0 6788
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.233
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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