PDB-2mug: Protective cellular immunity against P. falciparum malaria merozo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mug

タイトル

Protective cellular immunity against P. falciparum malaria merozoite is associated with a different P7 and P8 residue orientation in the MHC-peptide-TCR complex

要素

Serine-repeat antigen protein

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / Serine Repeat Antigen (SERA)

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-containing vacuole / cysteine-type peptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing

データ登録者

Patarroyo, M. / Salazar, L. / Cifuentes, G. / Lozano, J. / Delgado, G. / Rivera, Z. / Rosas, J. / Vargas, L.

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2006
タイトル: Protective cellular immunity against P. falciparum malaria merozoites is associated with a different P7 and P8 residue orientation in the MHC-peptide-TCR complex.
著者: Patarroyo, M.E. / Salazar, L.M. / Cifuentes, G. / Lozano, J.M. / Delgado, G. / Rivera, Z. / Rosas, J. / Vargas, L.E.

履歴

登録	2014年9月9日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mug.cif.gz	134.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mug.ent.gz	92.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mug.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/2mug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/2mug	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25211

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Serine-repeat antigen protein

2.43 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	22 / 50	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Serine-repeat antigen protein 分子量: 2432.822 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 901-920 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P69192
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D DQF-COSY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 10 mg/mL protein, 30% trifluoroethanol/70% water / 溶媒系: 30% trifluoroethanol/70% water
試料	濃度: 10 mg/mL / 構成要素: entity-1
試料状態	pH: 3.7 / 圧: ambient / 温度: 295 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
TopSpin	Bruker	collection
Insight II	Accelrys Software Inc.	geometry optimization
Insight II	Accelrys Software Inc.	精密化

精密化

手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 22

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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