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万見
- PDB-2mtf: Solution structure of the La motif of human LARP6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mtf
タイトルSolution structure of the La motif of human LARP6
要素La-related protein 6
キーワードRNA BINDING PROTEIN / LARP6 / La motif / La-related proteins / Acheron / LARP
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific mRNA binding / myosin binding / positive regulation of collagen biosynthetic process / RNA processing / mRNA 5'-UTR binding / RNA stem-loop binding / regulation of translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
La-related protein 6, RNA recognition motif / SUZ-C motif / SUZ-C domain / SUZ-C domain profile. / Lupus La protein / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. ...La-related protein 6, RNA recognition motif / SUZ-C motif / SUZ-C domain / SUZ-C domain profile. / Lupus La protein / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / RNA-binding domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
La-related protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model1
データ登録者Martino, L. / Salisbury, N.JH. / Atkinson, A.R. / Kelly, G. / Conte, M.R.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Synergic interplay of the La motif, RRM1 and the interdomain linker of LARP6 in the recognition of collagen mRNA expands the RNA binding repertoire of the La module.
著者: Martino, L. / Pennell, S. / Kelly, G. / Busi, B. / Brown, P. / Atkinson, R.A. / Salisbury, N.J. / Ooi, Z.H. / See, K.W. / Smerdon, S.J. / Alfano, C. / Bui, T.T. / Conte, M.R.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: 1H, 15N and 13C chemical shift assignments of the La motif and RRM1 from human LARP6
著者: Martino, L. / Pennell, S. / Kelly, G. / Busi, B. / Brown, P. / Atkinson, A.R. / Salisbury, N.JH. / Ooi, Z.H. / See, K.W. / Smerdon, S.J. / Alfano, C. / Bui, T.TT. / Conte, M.R.
履歴
登録2014年8月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: La-related protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5421
ポリマ－13,5421
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 La-related protein 6 / Acheron / Achn / La ribonucleoprotein domain family member 6


分子量: 13542.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LARP6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BRS8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D HN(CA)CB
1613D HN(CO)CA
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY aliphatic
11013D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細内容: 0.3-0.5 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] LARP6-LaM, 50 mM TRIS, 100 mM potassium chloride, 1 mM DTT, 50 mM L-Arginine, 50 mM L-Glutamic acid, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMLARP6-LaM-1[U-95% 13C; U-95% 15N]0.3-0.51
50 mMTRIS-21
100 mMpotassium chloride-31
1 mMDTT-41
50 mML-Arginine-51
50 mML-Glutamic acid-61
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 7.25 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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