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万見
- PDB-2mt4: Solution structure of the N-terminal domain of NUSA from B. Subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mt4
タイトルSolution structure of the N-terminal domain of NUSA from B. Subtilis
要素Transcription termination/antitermination protein NusA
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / NUSA / RNA Polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / DNA-binding transcription factor activity / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
N Utilization Substance Protein A; Chain:P; domain 4 / NusA, N-terminal domain / Transcription termination factor NusA / Transcription factor NusA, N-terminal / KH domain, NusA-like / NusA, N-terminal domain superfamily / NusA N-terminal domain / NusA-like KH domain / Transcription termination/antitermination protein NusA, bacterial / RNA-binding domain, S1 ...N Utilization Substance Protein A; Chain:P; domain 4 / NusA, N-terminal domain / Transcription termination factor NusA / Transcription factor NusA, N-terminal / KH domain, NusA-like / NusA, N-terminal domain superfamily / NusA N-terminal domain / NusA-like KH domain / Transcription termination/antitermination protein NusA, bacterial / RNA-binding domain, S1 / Type-1 KH domain profile. / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / K homology domain superfamily, prokaryotic type / K homology domain-like, alpha/beta / Nucleic acid-binding, OB-fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription termination/antitermination protein NusA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Mobli, M. / Lewis, P.J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: RNA polymerase-induced remodelling of NusA produces a pause enhancement complex.
著者: Ma, C. / Mobli, M. / Yang, X. / Keller, A.N. / King, G.F. / Lewis, P.J.
履歴
登録2014年8月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22015年4月1日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription termination/antitermination protein NusA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0201
ポリマ－14,0201
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Transcription termination/antitermination protein NusA


分子量: 14019.858 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-124) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: nusA, BSU16600 / プラスミド: pETMCSIII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32727

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HBHA(CO)NH
1513D (H)CCH-TOCSY
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY aliphatic
1813D 1H-13C NOESY aromatic
1913D HN(CA)CB
11013D CBCA(CO)NH
11113D HN(CA)CO
NMR実験の詳細Text: All 3D non-noesy data acquired with non-uniform sampling and processed using Maximum Entropy reconstruction

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試料調製

詳細内容: 400 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] NTD-NUSA, 10 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
400 uMNTD-NUSA-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
10 mMHEPES-21
150 mMsodium chloride-31
試料状態イオン強度: 0.16 / pH: 7.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TopSpin3.1Bruker Biospincollection
Rowland_NMR_Toolkit3J. C. Hoch & A. S. Stern解析
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CCPNMR2.2CCPNpeak picking
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1 / 詳細: AUTOMATED NOE ASSIGNMENT PROTOCOL
NMR constraintsNOE constraints total: 2407 / NOE intraresidue total count: 567 / NOE long range total count: 672 / NOE medium range total count: 541 / NOE sequential total count: 627 / Protein phi angle constraints total count: 114 / Protein psi angle constraints total count: 116
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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