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- PDB-2ms4: Cyclophilin a complexed with a fragment of crk-ii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ms4
タイトルCyclophilin a complexed with a fragment of crk-ii
要素
  • Peptide
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
キーワードISOMERASE / CYCLOPHILIN A
機能・相同性
機能・相同性情報


response to hepatocyte growth factor / regulation of intracellular signal transduction / cellular response to endothelin / helper T cell diapedesis / cerebellar neuron development / response to cholecystokinin / postsynaptic specialization assembly / protein phosphorylated amino acid binding / regulation of T cell migration / reelin-mediated signaling pathway ...response to hepatocyte growth factor / regulation of intracellular signal transduction / cellular response to endothelin / helper T cell diapedesis / cerebellar neuron development / response to cholecystokinin / postsynaptic specialization assembly / protein phosphorylated amino acid binding / regulation of T cell migration / reelin-mediated signaling pathway / regulation of dendrite development / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / response to yeast / negative regulation of wound healing / regulation of protein binding / negative regulation of cell motility / negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / ARMS-mediated activation / protein localization to membrane / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / MET receptor recycling / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / virion binding / MET activates RAP1 and RAC1 / Basigin interactions / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / cyclosporin A binding / establishment of cell polarity / regulation of GTPase activity / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / positive regulation of smooth muscle cell migration / dendrite development / Early Phase of HIV Life Cycle / positive regulation of Rac protein signal transduction / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / regulation of cell adhesion mediated by integrin / Calcineurin activates NFAT / viral release from host cell / cellular response to nitric oxide / regulation of signal transduction / ephrin receptor signaling pathway / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of viral genome replication / protein peptidyl-prolyl isomerization / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / signaling adaptor activity / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of protein dephosphorylation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / cytoskeletal protein binding / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / ephrin receptor binding / activation of protein kinase B activity / phosphotyrosine residue binding / Downstream signal transduction / SH2 domain binding / neutrophil chemotaxis / protein tyrosine kinase binding / cell chemotaxis / cellular response to nerve growth factor stimulus / negative regulation of protein phosphorylation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of protein secretion / Regulation of signaling by CBL / hippocampus development / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of JNK cascade / FCGR3A-mediated phagocytosis / insulin-like growth factor receptor binding / Assembly Of The HIV Virion / negative regulation of protein kinase activity / neuron migration / Budding and maturation of HIV virion / response to hydrogen peroxide / neuromuscular junction / neuron differentiation / lipid metabolic process / receptor tyrosine kinase binding / platelet activation / cerebral cortex development / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / kinase binding / platelet aggregation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / SH3 domain binding / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses
類似検索 - 分子機能
CRK, N-terminal SH3 domain / CRK, C-terminal SH3 domain / Variant SH3 domain / Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain ...CRK, N-terminal SH3 domain / CRK, C-terminal SH3 domain / Variant SH3 domain / Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Adapter molecule crk / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Jankowski, W. / Saleh, T. / Rossi, P. / Kalodimos, C.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Cyclophilin A promotes cell migration via the Abl-Crk signaling pathway.
著者: Saleh, T. / Jankowski, W. / Sriram, G. / Rossi, P. / Shah, S. / Lee, K.B. / Cruz, L.A. / Rodriguez, A.J. / Birge, R.B. / Kalodimos, C.G.
履歴
登録2014年7月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22015年12月30日Group: Database references
改定 1.32016年2月3日Group: Database references
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
B: Peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9922
ポリマ－18,9922
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / PPIase A / Cyclophilin A / Cyclosporin A-binding protein / Rotamase A / Peptidyl-prolyl cis-trans ...PPIase A / Cyclophilin A / Cyclosporin A-binding protein / Rotamase A / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / N-terminally processed


分子量: 18036.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIA, CYPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62937, peptidylprolyl isomerase
#2: タンパク質・ペプチド Peptide


分子量: 955.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: P46108*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1413D HNCA
1513D HN(CA)CB
1613D HNCO
1713D HN(CO)CA
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-13C NOESY aliphatic
11113D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細内容: 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_1, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.8 mM / 構成要素: entity_1-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 305 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSBrunger A.T. et.al.精密化
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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