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万見
- PDB-2mqk: Solution structure of N terminal domain of the MuB AAA+ ATPase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mqk
タイトルSolution structure of N terminal domain of the MuB AAA+ ATPase
要素ATP-dependent target DNA activator B
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA transposition / viral DNA genome replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / DNA integration / host cell cytoplasm / DNA replication / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
B transposition protein, C-terminal / B transposition protein, C-terminal domain superfamily / Mu B transposition protein, C terminal / : / : / AAA domain / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...B transposition protein, C-terminal / B transposition protein, C-terminal domain superfamily / Mu B transposition protein, C terminal / : / : / AAA domain / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent target DNA activator B
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage Mu (ファージ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsfewest violations, model1
データ登録者Lopez-Mendez, B. / Dramicanin, M. / Campos-Olivas, R. / Ramon-Maiques, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of N terminal domain of the MuB AAA+ ATPase
著者: Dramicanin, M. / Lopez-Mendez, B. / Campos-Olivas, R. / Ramon-Maiques, S.
履歴
登録2014年6月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent target DNA activator B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3531
ポリマ－7,3531
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent target DNA activator B / Gene product B / gpB / MuB


分子量: 7353.117 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 1-63 / 変異: M53T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage Mu (ファージ)
遺伝子: B, Mup04 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03763, adenosinetriphosphatase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1223D 1H-15N NOESY
1323D HNHA
1412D 1H-1H TOCSY
1512D 1H-1H NOESY
1612D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1500 uM MuB-NTD-1, 20 mM sodium phosphate-2, 100 mM sodium chloride-3, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
2500 uM [U-98% 15N] MuB-NTD-4, 20 mM sodium phosphate-5, 100 mM sodium chloride-6, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
500 uMMuB-NTD-11
20 mMsodium phosphate-21
100 mMsodium chloride-31
500 uMMuB-NTD-4[U-98% 15N]2
20 mMsodium phosphate-52
100 mMsodium chloride-62
試料状態イオン強度: 100 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.2.6Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
OPAL1.4Luginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CCPN2.3.1CCPNデータ解析
CCPN2.3.1CCPNchemical shift assignment
CCPN2.3.1CCPNpeak picking
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxbackbone torsion angle restraint generation
CYANAGUNTERT, MUMENTHALER AND WUTHRICH精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1518 / NOE intraresidue total count: 356 / NOE long range total count: 432 / NOE medium range total count: 390 / NOE sequential total count: 340 / Protein phi angle constraints total count: 46 / Protein psi angle constraints total count: 46
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 2 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.16 Å / 代表コンフォーマー: 1
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0105 Å / Distance rms dev error: 0.0004 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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