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万見
- PDB-2mpl: Solution structure of the PR domain of FOG-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mpl
タイトルSolution structure of the PR domain of FOG-1
要素Zinc finger protein ZFPM1
キーワードTRANSCRIPTION / PR domain / FOG-1 / GATA-1 / zinc-finger protein
機能・相同性
機能・相同性情報


tricuspid valve formation / negative regulation of mast cell differentiation / regulation of definitive erythrocyte differentiation / regulation of chemokine production / negative regulation of interleukin-4 production / definitive erythrocyte differentiation / mitral valve formation / atrial septum morphogenesis / primitive erythrocyte differentiation / megakaryocyte differentiation ...tricuspid valve formation / negative regulation of mast cell differentiation / regulation of definitive erythrocyte differentiation / regulation of chemokine production / negative regulation of interleukin-4 production / definitive erythrocyte differentiation / mitral valve formation / atrial septum morphogenesis / primitive erythrocyte differentiation / megakaryocyte differentiation / granulocyte differentiation / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / cardiac muscle tissue morphogenesis / atrioventricular valve morphogenesis / embryonic hemopoiesis / platelet formation / megakaryocyte development / ventricular septum morphogenesis / outflow tract morphogenesis / homeostasis of number of cells / transcription repressor complex / negative regulation of protein binding / erythrocyte differentiation / positive regulation of type II interferon production / transcription corepressor activity / heart development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Zinc finger protein ZFPM1-like, PR domain / Zinc finger CCHC FOG-type / FOG family / Zinc finger CCHC FOG-type profile. / Zinc-finger of C2H2 type / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily ...: / Zinc finger protein ZFPM1-like, PR domain / Zinc finger CCHC FOG-type / FOG family / Zinc finger CCHC FOG-type profile. / Zinc-finger of C2H2 type / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger protein ZFPM1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Mackay, J.P. / Clifton, M.K. / Westman, B.J. / Blobel, G.A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: The Identification and Structure of an N-Terminal PR Domain Show that FOG1 Is a Member of the PRDM Family of Proteins.
著者: Clifton, M.K. / Westman, B.J. / Thong, S.Y. / O'Connell, M.R. / Webster, M.W. / Shepherd, N.E. / Quinlan, K.G. / Crossley, M. / Blobel, G.A. / Mackay, J.P.
履歴
登録2014年5月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger protein ZFPM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0611
ポリマ－14,0611
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger protein ZFPM1 / Friend of GATA protein 1 / FOG-1 / Friend of GATA 1 / Zinc finger protein multitype 1


分子量: 14060.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fog, Fog1, Zfpm1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O35615

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1212D 1H-1H NOESY
1333D CBCA(CO)NH
1433D HNCO
1533D HN(CA)CB
1633D HBHA(CO)NH
1733D HN(CO)CA
1833D HNCA
1933D (H)CCH-TOCSY
11033D HNHA
11133D 1H-15N NOESY
11233D 1H-15N TOCSY
11333D (H)CCH-COSY
11433D HNHB

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-1 mM FOG-1 PR, 20 mM sodium phosphate, 0.01 mM DSS, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.5-1 mM [U-100% 15N] FOG-1 PR, 20 mM sodium phosphate, 0.01 mM DSS, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] FOG-1 PR, 20 mM sodium phosphate, 0.01 mM DSS, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMFOG-1 PR-10.5-11
20 mMsodium phosphate-21
0.01 mMDSS-31
mMFOG-1 PR-4[U-100% 15N]0.5-12
20 mMsodium phosphate-52
0.01 mMDSS-62
mMFOG-1 PR-7[U-100% 13C; U-100% 15N]0.5-13
20 mMsodium phosphate-83
0.01 mMDSS-93
試料状態イオン強度: 0.06 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3Bruker Biospin解析
Sparky3Goddardchemical shift assignment
Sparky3Goddardpeak picking
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Initial structure calculations including automated NOE assignment carried out in CYANA. Calculations carried out with iterative manual assignment until no restraint violations remained., ...詳細: Initial structure calculations including automated NOE assignment carried out in CYANA. Calculations carried out with iterative manual assignment until no restraint violations remained., RECOORD protocol carried out using unambiguous restraint list derived from CYANA calculations. 500 structures calculated using simulated annealing and the top 40 subject to water refinement. Top 20 from these were used to represent the final structure.
NMR constraintsNOE constraints total: 1244 / NOE intraresidue total count: 289 / NOE long range total count: 451 / NOE medium range total count: 124 / NOE sequential total count: 366 / Protein phi angle constraints total count: 89 / Protein psi angle constraints total count: 89
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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