- PDB-2mlh: NMR Solution Structure of Opa60 from N. Gonorrhoeae in FC-12 Micelles -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2mlh
タイトル
NMR Solution Structure of Opa60 from N. Gonorrhoeae in FC-12 Micelles
要素
Opacity protein opA60
キーワード
MEMBRANE PROTEIN / BETA-BARREL
機能・相同性
Porin, opacity type / Opacity family porin protein / Outer membrane autotransporter barrel / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / porin activity / Cell surface interactions at the vascular wall / cell outer membrane / Opacity protein opA60
内容: 800 uM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] OPA60, 150 mM Dodecyl Phosphcholine, 20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)
構成要素
Isotopic labeling
Solution-ID
800uM
OPA60-1
[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]
1
150mM
Dodecyl Phosphcholine-2
1
20mM
sodium phosphate-3
1
150mM
sodium chloride-4
1
試料状態
pH: 6.2 / 圧: ambient / 温度: 313 K
-
NMR測定
NMRスペクトロメーター
タイプ
製造業者
モデル
磁場強度 (MHz)
Spectrometer-ID
Bruker Avance
Bruker
AVANCE
600
1
Bruker Avance
Bruker
AVANCE
800
2
-
解析
NMR software
名称
バージョン
開発者
分類
X-PLOR NIH
2.31
Schwieters, Kuszewski, TjandraandClore
構造決定
CARA
1.8.4.2
KellerandWuthrich
chemicalshiftassignment
NMRPipe
7.9
Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, PfeiferandBax
データ解析
TopSpin
3
BrukerBiospin
collection
X-PLOR NIH
Schwieters, Kuszewski, TjandraandClore
精密化
精密化
手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraints
Protein phi angle constraints total count: 64 / Protein psi angle constraints total count: 64
代表構造
選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 1.5 Å / Maximum upper distance constraint violation: 6.5 Å
NMR ensemble rms
Distance rms dev: 0.11 Å / Distance rms dev error: 0.002 Å