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万見
- PDB-2mkn: Structural Characterization of Interactions between the Double-St... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mkn
タイトルStructural Characterization of Interactions between the Double-Stranded RNA-Binding Zinc Finger Protein JAZ and dsRNA
要素
  • RNA (5'-R(*GP*CP*CP*GP*UP*GP*GP*UP*CP*UP*GP*GP*UP*GP*GP*CP*CP*GP*G)-3')
  • RNA (5'-R(P*CP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*C)-3')
  • Zinc finger protein 346
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Zinc finger / dsRNA-binding / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


miRNA binding / double-stranded RNA binding / nucleolus / enzyme binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Zinc-finger of C2H2 type / Classic Zinc Finger / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Zinc finger protein 346
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wright, P. / Dyson, J. / Burge, R. / Martinez-Yamout, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Structural Characterization of Interactions between the Double-Stranded RNA-Binding Zinc Finger Protein JAZ and Nucleic Acids.
著者: Burge, R.G. / Martinez-Yamout, M.A. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
履歴
登録2014年2月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Database references
改定 1.22016年4月27日Group: Structure summary
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger protein 346
B: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*GP*UP*GP*GP*UP*CP*UP*GP*GP*UP*GP*GP*CP*CP*GP*G)-3')
C: RNA (5'-R(P*CP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3034
ポリマ－19,2383
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 100
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger protein 346


分子量: 7030.144 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 181-224 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZNF346, JAZ / プラスミド: pet21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UL40
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*CP*CP*GP*UP*GP*GP*UP*CP*UP*GP*GP*UP*GP*GP*CP*CP*GP*G)-3')


分子量: 6157.673 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*C)-3')


分子量: 6049.712 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
構成要素の詳細THE HADDOCK STARTING RNA STRUCTURE IS AN IDEALIZED A-FORM HELIX AND WAS GENERATED FROM THE MAKE-NA SERVER.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-15N NOESY
1313D HNCA
1413D HNCO
1513D HN(CA)CB
1613D 1H-15N TOCSY
1713D 1H-13C NOESY
1813D (H)CCH-COSY
1913D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細内容: 200-300 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料単位: mM / 構成要素: entity_1-1 / Isotopic labeling: [U-95% 13C; U-95% 15N] / Conc. range: 200-300
試料状態イオン強度: 55 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX7501
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
HADDOCKAlexandre Bonvin精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: HADDOCK MODEL OF JAZ ZINC FINGER 3 COMPLEXED WITH DSRNA.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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