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- PDB-2mkk: Structural model of tandem RRM domains of cytoplasmic polyadenyla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mkk
タイトルStructural model of tandem RRM domains of cytoplasmic polyadenylation element binding protein 1 (CPEB1) in complex with RNA
要素
  • Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 1
  • RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*A)-3')
キーワードTRANSLATION REGULATOR/RNA / CPEB1 / RNA recognition motif (RRM) / Cytoplasmic polyadenylation / Protein-RNA Interaction / Translation regulation / TRANSLATION REGULATOR-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mRNA 3'-end processing / translation factor activity, RNA binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / negative regulation of cytoplasmic translation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 3'-UTR binding / cellular response to amino acid stimulus / P-body / cellular response to insulin stimulus / mRNA processing ...regulation of mRNA 3'-end processing / translation factor activity, RNA binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / negative regulation of cytoplasmic translation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 3'-UTR binding / cellular response to amino acid stimulus / P-body / cellular response to insulin stimulus / mRNA processing / ribosome binding / cellular response to hypoxia / neuron projection / postsynaptic density / ribonucleoprotein complex / synapse / dendrite / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 1, N-terminal / CPEB-1, RNA recognition motif 1 / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 1 N-terminus / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein, ZZ domain / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein / CEBP, ZZ domain superfamily / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein ZZ domain / RNA recognition motif / RRM (RNA recognition motif) domain / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. ...Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 1, N-terminal / CPEB-1, RNA recognition motif 1 / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 1 N-terminus / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein, ZZ domain / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein / CEBP, ZZ domain superfamily / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein ZZ domain / RNA recognition motif / RRM (RNA recognition motif) domain / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model2
データ登録者Afroz, T. / Skrisovska, L. / Belloc, E. / Boixet, J.G. / Mendez, R. / Allain, F.H.-T.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2014
タイトル: A fly trap mechanism provides sequence-specific RNA recognition by CPEB proteins
著者: Afroz, T. / Skrisovska, L. / Belloc, E. / Guillen-Boixet, J. / Mendez, R. / Allain, F.H.-T.
履歴
登録2014年2月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 1
B: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4392
ポリマ－25,4392
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 1 / CPE-BP1 / CPE-binding protein 1 / h-CEBP / hCPEB-1


分子量: 23930.580 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 219-430 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPEB1, CPEB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BZB8
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*A)-3')


分子量: 1508.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
配列の詳細THIS PROTEIN SEQUENCE IS ISOFORM 4 OF CPEB1_HUMAN.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1142D 1H-15N HSQC
1242D TROSY
1322D 1H-13C HSQC
1422D 1H-13C HSQC aliphatic
1522D 1H-13C HSQC aromatic
1652D 1H-1H TOCSY
1752D 1H-1H NOESY
1813D trHNCA
1913D trHN(CO)CA
11013D trCBCA(CO)NH
11113D trHNCACB
11213D trHNCACO
11313D trHNCO
11423D (H)CCH-TOCSY
11523D (H)CCH-TOCSY
11643D 1H-15N NOESY
11713D 1H-13C NOESY aliphatic
11813D 1H-13C NOESY aromatic
11962D 13C-F1-filtered F2-filtered NOESY
12062D 1H-1H F1-13C-filtered F2-13C-edited NOESY
12163D 13C-F1-edited F3-filtered NOESY HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4-0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] CPEB1RRM12-1, 0.4-0.6 mM 5'-UUUUA-3'-2, 100 mM sodium chloride-3, 50 mM sodium phosphate-4, 1 mM DTT-5, 1 mM magnesium sulfate-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.4-0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CPEB1RRM12-7, 0.4-0.6 mM 5'-UUUUA-3'-8, 100 mM sodium chloride-9, 50 mM sodium phosphate-10, 1 mM DTT-11, 1 mM magnesium sulfate-12, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.4-0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CPEB1RRM12-13, 0.4-0.6 mM 5'-UUUUA-3'-14, 100 mM sodium chloride-15, 50 mM sodium phosphate-16, 1 mM DTT-17, 1 mM magnesium sulfate-18, 100% D2O100% D2O
40.4-0.6 mM [U-100% 15N] CPEB1RRM12-19, 0.4-0.6 mM 5'-UUUUA-3'-20, 100 mM sodium chloride-21, 50 mM sodium phosphate-22, 1 mM DTT-23, 1 mM magnesium sulfate-24, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
50.4-0.6 mM [U-100% 15N] CPEB1RRM12-25, 0.4-0.6 mM 5'-UUUUA-3'-26, 100 mM sodium chloride-27, 50 mM sodium phosphate-28, 1 mM DTT-29, 1 mM magnesium sulfate-30, 100% D2O100% D2O
60.4-0.6 mM [U-100% 15N] CPEB1RRM12-31, 0.4-0.6 mM 5'-CUUUA-3'-32, 100 mM sodium chloride-33, 50 mM sodium phosphate-34, 1 mM DTT-35, 1 mM magnesium sulfate-36, 100% D2O100% D2O
70.4-0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CPEB1RRM12-37, 0.4-0.6 mM 5'-CUUUA-3'-38, 100 mM sodium chloride-39, 50 mM sodium phosphate-40, 1 mM DTT-41, 1 mM magnesium sulfate-42, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMCPEB1RRM12-1[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]0.4-0.61
mM5'-UUUUA-3'-20.4-0.61
100 mMsodium chloride-31
50 mMsodium phosphate-41
1 mMDTT-51
1 mMmagnesium sulfate-61
mMCPEB1RRM12-7[U-100% 13C; U-100% 15N]0.4-0.62
mM5'-UUUUA-3'-80.4-0.62
100 mMsodium chloride-92
50 mMsodium phosphate-102
1 mMDTT-112
1 mMmagnesium sulfate-122
mMCPEB1RRM12-13[U-100% 13C; U-100% 15N]0.4-0.63
mM5'-UUUUA-3'-140.4-0.63
100 mMsodium chloride-153
50 mMsodium phosphate-163
1 mMDTT-173
1 mMmagnesium sulfate-183
mMCPEB1RRM12-19[U-100% 15N]0.4-0.64
mM5'-UUUUA-3'-200.4-0.64
100 mMsodium chloride-214
50 mMsodium phosphate-224
1 mMDTT-234
1 mMmagnesium sulfate-244
mMCPEB1RRM12-25[U-100% 15N]0.4-0.65
mM5'-UUUUA-3'-260.4-0.65
100 mMsodium chloride-275
50 mMsodium phosphate-285
1 mMDTT-295
1 mMmagnesium sulfate-305
mMCPEB1RRM12-31[U-100% 15N]0.4-0.66
mM5'-CUUUA-3'-320.4-0.66
100 mMsodium chloride-336
50 mMsodium phosphate-346
1 mMDTT-356
1 mMmagnesium sulfate-366
mMCPEB1RRM12-37[U-100% 13C; U-100% 15N]0.4-0.67
mM5'-CUUUA-3'-380.4-0.67
100 mMsodium chloride-397
50 mMsodium phosphate-407
1 mMDTT-417
1 mMmagnesium sulfate-427
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 6.5 / 圧: ambient atm / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE6003
Bruker AvanceBrukerAVANCE5004

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
TopSpinBruker Biospin解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
SparkyGoddardchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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