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万見
- PDB-2miy: Solution NMR structure of a preQ1 Class II riboswitch from Strept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2miy
タイトルSolution NMR structure of a preQ1 Class II riboswitch from Streptococcus pneumoniae
要素RNA_(59-MER)
キーワードRNA / preQ1 / riboswitch / classII / pseudoknot / Streptococcus pneumoniae
機能・相同性7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Kang, M. / Eichhorn, C.D. / Feigon, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural determinants for ligand capture by a class II preQ1 riboswitch.
著者: Kang, M. / Eichhorn, C.D. / Feigon, J.
履歴
登録2013年12月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月5日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA_(59-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0822
ポリマ－18,9031
非ポリマー1791
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)18 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA_(59-MER)


分子量: 18903.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-PRF / 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / 2-アミノ-5-(アミノメチル)-7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-4(3H)-オン


分子量: 179.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9N5O

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1222D 1H-1H TOCSY
2343D (H)CCH-TOCSY
2453D (H)CCH-TOCSY
2563D (H)CCH-TOCSY
2673D (H)CCH-TOCSY
1732D 1H-1H NOESY
1822D 1H-1H NOESY
1982D 1H-13C HSQC
11082D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2 mM RNA (59-MER), 2 mM 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE, 60 mM potassium chloride, 3 mM calcium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.2 mM RNA (59-MER), 60 mM potassium chloride, 3 mM calcium chloride, 2 mM 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE, 100% D2O100% D2O
31 mM (U-50%)-2H RNA (59-MER), 60 mM potassium chloride, 3 mM calcium Chloride, 2 mM 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE, 100% D2O100% D2O
41.2 mM [U-13C; U-15N]-Ade RNA (59-MER), 60 mM potassium chloride, 3 mM calcium chloride, 2 mM 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE, 100% D2O100% D2O
51.2 mM [U-13C; U-15N]-Gua RNA (59-MER), 60 mM potassium chloride, 3 mM calcium chloride, 2 mM 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE, 100% D2O100% D2O
61.2 mM [U-13C; U-15N]-Cyt RNA (59-MER), 60 mM potassium chloride, 3 mM calcium chloride, 2 mM 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE, 100% D2O100% D2O
71.2 mM [U-13C; U-15N]-Ura RNA (59-MER), 60 mM potassium chloride, 3 mM calcium chloride, 2 mM 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE, 100% D2O100% D2O
81.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (59-MER), 60 mM potassium chloride, 3 mM calcium chloride, 2 mM 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMRNA (59-MER)-11
2 mM7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE-21
60 mMpotassium chloride-31
3 mMcalcium chloride-41
1.2 mMRNA (59-MER)-52
60 mMpotassium chloride-62
3 mMcalcium chloride-72
2 mM7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE-82
1 mMRNA (59-MER)-9(U-50%)-2H3
60 mMpotassium chloride-103
3 mMcalcium Chloride-113
2 mM7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE-123
1.2 mMRNA (59-MER)-13[U-13C; U-15N]-Ade4
60 mMpotassium chloride-144
3 mMcalcium chloride-154
2 mM7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE-164
1.2 mMRNA (59-MER)-17[U-13C; U-15N]-Gua5
60 mMpotassium chloride-185
3 mMcalcium chloride-195
2 mM7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE-205
1.2 mMRNA (59-MER)-21[U-13C; U-15N]-Cyt6
60 mMpotassium chloride-226
3 mMcalcium chloride-236
2 mM7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE-246
1.2 mMRNA (59-MER)-25[U-13C; U-15N]-Ura7
60 mMpotassium chloride-267
3 mMcalcium chloride-277
2 mM7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE-287
1.2 mMRNA (59-MER)-29[U-100% 13C; U-100% 15N]8
60 mMpotassium chloride-308
3 mMcalcium chloride-318
2 mM7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE-328
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
166 6-6.3 ambient 300 K
266 6-6.3 ambient 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
XwinNMRBruker Biospincollection
XwinNMRBruker Biospin解析
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRDrawJohnson, One Moon Scientificpeak picking
Insight IIAccelrys Software Inc.データ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNA sugar pucker constraints total count: 59 / NOE constraints total: 866 / NOE intraresidue total count: 306 / NOE long range total count: 44 / NOE medium range total count: 190 / NOE sequential total count: 326
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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