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- PDB-2mi5: Structure of insect-specific sodium channel toxin mu-Dc1a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mi5
タイトルStructure of insect-specific sodium channel toxin mu-Dc1a
要素Mu-diguetoxin-Dc1a
キーワードTOXIN / spider venom / insecticidal toxin / sodium channel / voltage-sensor / gating modifier / non-uniform sampling / DTX9.2 / inhibitor cystine knot / knottin
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell presynaptic membrane / sodium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 - #120 / Beta/Mu-diguetoxin-1 / Spider Toxins mu-diguetoxin-1 a, b and c / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-diguetoxin-Dc1a
類似検索 - 構成要素
生物種Diguetia canities (クモ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsBest MolProbity score, model1
データ登録者Bende, N.S. / Mobli, M. / King, G.F.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: A distinct sodium channel voltage-sensor locus determines insect selectivity of the spider toxin Dc1a.
著者: Bende, N.S. / Dziemborowicz, S. / Mobli, M. / Herzig, V. / Gilchrist, J. / Wagner, J. / Nicholson, G.M. / King, G.F. / Bosmans, F.
#1: ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Characterization and cloning of insecticidal peptides from the primitive weaving spider Diguetia canities.
著者: Krapcho, K.J. / Kral, R.M. / Vanwagenen, B.C. / Eppler, K.G. / Morgan, T.K.
#2: ジャーナル: Toxicon / 年: 1996
タイトル: Mode of action of an insecticidal peptide toxin from the venom of a weaving spider (Diguetia canities).
著者: Bloomquist, J.R. / Kinne, L.P. / Deutsch, V. / Simpson, S.F.
履歴
登録2013年12月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mu-diguetoxin-Dc1a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5021
ポリマ－6,5021
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200Best MolProbity score
代表モデルモデル #1best molprobity score

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要素

#1: タンパク質 Mu-diguetoxin-Dc1a / Mu-DGTX-Dc1a / Insecticidal toxin DTX9.2


分子量: 6502.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Diguetia canities (クモ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P49126
Has protein modificationY
配列の詳細VESTIGE OF PROTEASE RECOGNITION SITE

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HN(CA)CB
1513D HBHA(CO)NH
1613D CBCA(CO)NH
1713D 1H-13C NOESY aliphatic
1813D 1H-13C NOESY aromatic
1913D 1H-15N NOESY
11014D HCC(CO)NH
NMR実験の詳細Text: All 3D and 4D except NOESY type data were acquired using non-uniform sampling and processed using maximum entropy.

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試料調製

詳細内容: 350 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Dc1a-1, 20 mM sodium acetate-2, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
350 uMDc1a-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMsodium acetate-21
試料状態イオン強度: 0.02 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
TopSpin3Bruker Biospincollection
Rowland_NMR_Toolkit3Jeffrey C. Hoch, Alan S. Stern解析
GENPROC2Mehdi Mobli解析
CYANA3精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 902 / NOE intraresidue total count: 267 / NOE long range total count: 276 / NOE medium range total count: 106 / NOE sequential total count: 253
代表構造選択基準: best molprobity score
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Best MolProbity score / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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