PDB-2mi2: Solution structure of the E. coli TatB protein in DPC micelles

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mi2

タイトル

Solution structure of the E. coli TatB protein in DPC micelles

要素

Sec-independent protein translocase protein TatB

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

Sec-independent protein translocase protein TatB / TAT protein transport complex / protein transport by the Tat complex / protein transmembrane transporter activity / Sec-independent protein translocase protein TatB / :

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Zhang, Y. / Wang, L. / Hu, Y. / Jin, C.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2014
タイトル: Solution structure of the TatB component of the twin-arginine translocation system.
著者: Zhang, Y. / Wang, L. / Hu, Y. / Jin, C.

履歴

登録	2013年12月8日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mi2.cif.gz	571.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mi2.ent.gz	487.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mi2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/2mi2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/2mi2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3445 3467 3463 6aed-d 3325 6o4p-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19618

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sec-independent protein translocase protein TatB

12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Sec-independent protein translocase protein TatB 分子量: 12343.269 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-101 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tatB, LF82_2221 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2QI32, UniProt: A0A0D8VEJ4*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D HNCO
1	5	1	3D HNCA
1	6	1	3D HN(CA)CB
1	7	1	3D HBHA(CO)NH
1	8	1	3D HN(CO)CA
1	9	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	10	1	3D (H)CCH-COSY
1	11	1	3D 1H-13C NOESY aromatic
1	12	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	13	1	3D 1H-15N NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] transport protein-1, 20 mM sodium acetate-2, 40 mM DPC-3, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1 mM	transport protein-1	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
20 mM	sodium acetate-2		1
40 mM	DPC-3		1

試料状態

イオン強度: 0.02 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 313 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	500	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	2
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	3

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
NMRView	Johnson, One Moon Scientific	chemical shift assignment
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
TALOS	Cornilescu, Delaglio and Bax	データ解析
ProcheckNMR	Laskowski and MacArthur	データ解析
SANE	Duggan, Legge, Dyson & Wright	データ解析
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15 / 代表コンフォーマー: 1

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)