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万見
- PDB-2mh2: Structural insights into the DNA recognition and protein interact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mh2
タイトルStructural insights into the DNA recognition and protein interaction domains reveal fundamental homologous DNA pairing properties of HOP2
要素Homologous-pairing protein 2 homolog
キーワードDNA BINDING PROTEIN / meiosis / homologous recombination / homologous pairing protein
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear glucocorticoid receptor binding / reciprocal meiotic recombination / nuclear thyroid hormone receptor binding / DNA binding domain binding / nuclear androgen receptor binding / nuclear receptor coactivator activity / nuclear estrogen receptor binding / protein-containing complex binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding ...nuclear glucocorticoid receptor binding / reciprocal meiotic recombination / nuclear thyroid hormone receptor binding / DNA binding domain binding / nuclear androgen receptor binding / nuclear receptor coactivator activity / nuclear estrogen receptor binding / protein-containing complex binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Homologous-pairing protein 2, winged helix domain / Homologous-pairing protein 2 / Leucine zipper with capping helix domain / TBPIP/Hop2 winged helix domain / Leucine zipper with capping helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Homologous-pairing protein 2 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / distance geometry
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Moktan, H. / Guiraldelli, M.F. / Eyter, C.A. / Zhao, W. / Camerini-Otero, R.D. / Sung, P. / Zhou, D.H. / Pezza, R.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Solution Structure and DNA-binding Properties of the Winged Helix Domain of the Meiotic Recombination HOP2 Protein.
著者: Moktan, H. / Guiraldelli, M.F. / Eyster, C.A. / Zhao, W. / Lee, C.Y. / Mather, T. / Camerini-Otero, R.D. / Sung, P. / Zhou, D.H. / Pezza, R.J.
履歴
登録2013年11月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homologous-pairing protein 2 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2571
ポリマ－9,2571
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40000back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Homologous-pairing protein 2 homolog / Hop2 / PSMC3-interacting protein / Proteasome 26S ATPase subunit 3-interacting protein / Tat- ...Hop2 / PSMC3-interacting protein / Proteasome 26S ATPase subunit 3-interacting protein / Tat-binding protein 1-interacting protein / TBP-1-interacting protein


分子量: 9257.393 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-84) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Hop2, Psmc3ip, Tbpip / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O35047

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HNCO
1613D HNCA
1713D HN(CA)CB
1813D H(CCO)NH
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D 1H-15N NOESY
11113D 1H-15N TOCSY
11213D HCACO
11313D HN(CO)CA

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試料調製

詳細内容: 6 mg/mL [U-99% 13C; U-99% 15N] Hop2, 5% [U-99% 2H] D2O, 10 mM imidazole, 120 mM sodium chloride, 5% glycerol, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
6 mg/mLHop2-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
5 %D2O-2[U-99% 2H]1
10 mMimidazole-31
120 mMsodium chloride-41
5 %glycerol-51
試料状態イオン強度: 120 / pH: 7.8 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Bax構造決定
RPFHuang, Powers, Montelione精密化
ProcheckLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thorntonstructure validation
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsProtein phi angle constraints total count: 78 / Protein psi angle constraints total count: 78
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 40000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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