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- PDB-2mf8: HADDOCK model of MyT1 F4F5 - DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mf8
タイトルHADDOCK model of MyT1 F4F5 - DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*GP*GP*T)-3')
  • Myelin transcription factor 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/DNA / MyT1 / zinc finger / METAL BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of hormone metabolic process / diaphragm development / endocrine pancreas development / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / intracellular glucose homeostasis / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / post-embryonic development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nervous system development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific ...regulation of hormone metabolic process / diaphragm development / endocrine pancreas development / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / intracellular glucose homeostasis / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / post-embryonic development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nervous system development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Myelin transcription factor 1 / Myelin transcription factor 1 / Zinc finger, C2H2C-type superfamily / Zinc finger, C2HC type / Zinc finger, C2H2C-type / Zinc finger CCHHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Myelin transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Gamsjaeger, R. / O'Connell, M.R. / Cubeddu, L. / Shepherd, N.E. / Lowry, J.A. / Kwan, A.H. / Vandevenne, M. / Swanton, M.K. / Matthews, J.M. / Mackay, J.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: A structural analysis of DNA binding by myelin transcription factor 1 double zinc fingers.
著者: Gamsjaeger, R. / O'Connell, M.R. / Cubeddu, L. / Shepherd, N.E. / Lowry, J.A. / Kwan, A.H. / Vandevenne, M. / Swanton, M.K. / Matthews, J.M. / Mackay, J.P.
履歴
登録2013年10月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myelin transcription factor 1
B: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6535
ポリマ－17,5223
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 10structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Myelin transcription factor 1 / MyT1 / Neural zinc finger factor 2 / NZF-2


分子量: 9579.887 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 792-880 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Myt1, Kiaa0835, Nzf2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CFC2
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*AP*C)-3')


分子量: 3944.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量: 3997.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
構成要素の詳細FOR DOCKING, THE STARTING DNA STRUCTURE WAS CREATED BY PROGRAM 3DNA AS IDEAL B-FORM DNA.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-15N HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D HNCO
1613D HN(CA)CO
1712D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.2-1.0 mM [U-13C; U-15N] protein, 0.2-1.0 mM DNA, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMprotein-1[U-13C; U-15N]0.2-1.01
mMDNA-20.2-1.01
試料状態イオン強度: 60 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software名称: HADDOCK / 開発者: Bonvin, A. et al. / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STARTING STRUCTURE OF THE PROTEIN WAS AN IN SILICO FUSION OF TWO MYT1 F5 ZINC FINGERS FROM PDB ENTRY 2JYD. THE STARTING DNA STRUCTURE WAS CREATED BY PROGRAM 3DNA AS IDEAL B-FORM DNA.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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