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万見
- PDB-2mey: RDC refined solution structure of Blo t 5. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mey
タイトルRDC refined solution structure of Blo t 5.
要素Mite allergen Blo t 5
キーワードALLERGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein homotrimerization / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #970 / Mite allergen, group 5/21 / Mite allergen, group 5/21 superfamily / Mite allergen Blo t 5 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mite allergen Blo t 5
類似検索 - 構成要素
生物種Blomia tropicalis (ダニ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Naik, M.T. / Huang, T.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR structure note: Blo t 5 from Blomia Tropicalis
著者: Naik, M.T. / Naik, N. / Huang, T.
#1: ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2007
タイトル: Complete 1H, 13C and 15N resonance assignments of Blo t 5, a major mite allergen from Blomia tropicalis.
著者: Naik, M.T. / Chang, C.F. / Kuo, I.C. / Yu, T. / Fang, P.J. / Chua, K.Y. / Huang, T.H.
履歴
登録2013年10月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mite allergen Blo t 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0591
ポリマ－14,0591
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Mite allergen Blo t 5 / Blo t 5 / Blo t 5


分子量: 14058.818 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 18-134 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Blomia tropicalis (ダニ) / 遺伝子: BLOT5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O96870

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: This structure uses all restraints used to calculate entry 2JMH. In addition extensive new RDC data was used and final structure ensemble underwent explicit water refinement. Still 2JMH is ...詳細: This structure uses all restraints used to calculate entry 2JMH. In addition extensive new RDC data was used and final structure ensemble underwent explicit water refinement. Still 2JMH is now an old and widely cited structure and may *not be replaced. The main purpose of this new entry is to validate the accuracy of 2JMH. (Mueller et al. JBC (2010) 285, 25394).
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
114IPAP-15N-HSQC
124IPAP-J-HNCO
133IPAP-15N-HSQC
141IPAP-15N-HSQC
151IPAP-15N HSQC
161IPAP-J-HNCO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-13C; U-15N] Blo t 5-1, 50 mM Potassium Phosphate-2, 100 mM Sodium Chloride-3, 2 mM EDTA-4, 0.001 % Sodium Azide-5, 14 mg/mL Pf1 phage-6, 1 mM [U-13C; U-15N] Blo t 5-7, 50 mM Potassium Phosphate-8, 100 mM Sodium Chloride-9, 2 mM EDTA-10, 0.001 % Sodium Azide-11, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-15N] Blo t 5-12, 50 mM Potassium Phosphate-13, 100 mM Sodium Chloride-14, 2 mM EDTA-15, 0.001 % Sodium Azide-16, 4 % C12E5/n-hexanol-17, 1 mM [U-15N] Blo t 5-18, 50 mM Potassium Phosphate-19, 100 mM Sodium Chloride-20, 2 mM EDTA-21, 0.001 % Sodium Azide-22, 6 % Polyacrylamide Gel-23, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM [U-15N] Blo t 5-24, 50 mM Potassium Phosphate-25, 100 mM Sodium Chloride-26, 2 mM EDTA-27, 0.001 % Sodium Azide-28, 4 % C12E5/n-hexanol-29, 1 mM [U-15N] Blo t 5-30, 50 mM Potassium Phosphate-31, 100 mM Sodium Chloride-32, 2 mM EDTA-33, 0.001 % Sodium Azide-34, 6 % Polyacrylamide Gel-35, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41 mM [U-13C; U-15N] Blo t 5-36, 50 mM Potassium Phosphate-37, 100 mM Sodium Chloride-38, 2 mM EDTA-39, 0.001 % Sodium Azide-40, 14 mg/mL Pf1 phage-41, 1 mM [U-13C; U-15N] Blo t 5-42, 50 mM Potassium Phosphate-43, 100 mM Sodium Chloride-44, 2 mM EDTA-45, 0.001 % Sodium Azide-46, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMBlo t 5-1[U-13C; U-15N]1
50 mMPotassium Phosphate-21
100 mMSodium Chloride-31
2 mMEDTA-41
0.001 %Sodium Azide-51
14 mg/mLPf1 phage-61
1 mMBlo t 5-7[U-13C; U-15N]1
50 mMPotassium Phosphate-81
100 mMSodium Chloride-91
2 mMEDTA-101
0.001 %Sodium Azide-111
1 mMBlo t 5-12[U-15N]2
50 mMPotassium Phosphate-132
100 mMSodium Chloride-142
2 mMEDTA-152
0.001 %Sodium Azide-162
4 %C12E5/n-hexanol-172
1 mMBlo t 5-18[U-15N]2
50 mMPotassium Phosphate-192
100 mMSodium Chloride-202
2 mMEDTA-212
0.001 %Sodium Azide-222
6 %Polyacrylamide Gel-232
1 mMBlo t 5-24[U-15N]3
50 mMPotassium Phosphate-253
100 mMSodium Chloride-263
2 mMEDTA-273
0.001 %Sodium Azide-283
4 %C12E5/n-hexanol-293
1 mMBlo t 5-30[U-15N]3
50 mMPotassium Phosphate-313
100 mMSodium Chloride-323
2 mMEDTA-333
0.001 %Sodium Azide-343
6 %Polyacrylamide Gel-353
1 mMBlo t 5-36[U-13C; U-15N]4
50 mMPotassium Phosphate-374
100 mMSodium Chloride-384
2 mMEDTA-394
0.001 %Sodium Azide-404
14 mg/mLPf1 phage-414
1 mMBlo t 5-42[U-13C; U-15N]4
50 mMPotassium Phosphate-434
100 mMSodium Chloride-444
2 mMEDTA-454
0.001 %Sodium Azide-464
試料状態pH: 7.5 / 温度: 295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3Brukernmr data acquisition
TopSpin3Bruker解析
Sparky3.112UCSFnmr data analysis
Sparky3.112UCSF構造決定
Sparky3.112Guntert, Mumenthaler and Wuthrichnmr data analysis
Sparky3.112Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Sparky3.112UCSFnmr data analysis
Sparky3.112UCSF構造決定
Sparky3.112Guntert, Mumenthaler and Wuthrichnmr data analysis
Sparky3.112Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIH2.34Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
PALESM. Zweckstetter and A. Baxgeometry optimization
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Explicit water refinement
NMR constraintsNOE constraints total: 1105 / NOE intraresidue total count: 368 / NOE long range total count: 153 / NOE medium range total count: 269 / NOE sequential total count: 315 / Hydrogen bond constraints total count: 156 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 93 / Protein psi angle constraints total count: 93
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0.06289 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 12.61 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.69 Å / 代表コンフォーマー: 1 / Torsion angle constraint violation method: PSVS
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.034 Å / Distance rms dev error: 0.004 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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