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- PDB-2mdk: NMR Solution Structure of MSP-P56S Domain/VAPB in DPC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mdk
タイトルNMR Solution Structure of MSP-P56S Domain/VAPB in DPC
要素Vesicle-associated membrane protein-associated protein B/C
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MSP-P56S DOMAIN / VAPB
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation by virus of viral protein levels in host cell / endoplasmic reticulum membrane organization / FFAT motif binding / endoplasmic reticulum-plasma membrane tethering / modulation by host of viral RNA genome replication / suppression of viral release by host / COPII-coated vesicle budding / negative regulation by host of viral genome replication / positive regulation by host of viral genome replication / Sphingolipid de novo biosynthesis ...negative regulation by virus of viral protein levels in host cell / endoplasmic reticulum membrane organization / FFAT motif binding / endoplasmic reticulum-plasma membrane tethering / modulation by host of viral RNA genome replication / suppression of viral release by host / COPII-coated vesicle budding / negative regulation by host of viral genome replication / positive regulation by host of viral genome replication / Sphingolipid de novo biosynthesis / cholesterol transport / endoplasmic reticulum organization / RHOD GTPase cycle / beta-tubulin binding / IRE1-mediated unfolded protein response / RHOC GTPase cycle / viral release from host cell / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / positive regulation of viral genome replication / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum unfolded protein response / intracellular calcium ion homeostasis / microtubule binding / cadherin binding / protein heterodimerization activity / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vesicle-associated membrane-protein-associated protein / Major sperm protein (MSP) domain / MSP (Major sperm protein) domain / Major sperm protein (MSP) domain profile. / PapD-like superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Vesicle-associated membrane protein-associated protein B/C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailslowest energy, model10
データ登録者Qin, H. / Lim, L. / Song, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: MSP-P56S Domain, VAPB in DPC
著者: Qin, H. / Lim, L. / Song, J.
履歴
登録2013年9月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vesicle-associated membrane protein-associated protein B/C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2061
ポリマ－14,2061
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Vesicle-associated membrane protein-associated protein B/C / VAMP-B/VAMP-C / VAMP-associated protein B/C / VAP-B/VAP-C


分子量: 14206.322 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-125 / 変異: P56S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VAPB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95292

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D CBCA(CO)NH
1213D 1H-15N TOCSY
1313D 1H-15N NOESY
1413D (H)CCH-TOCSY
1513D HBHA(CO)NH
1613D HN(CO)CA
1713D HN(CA)CB
1813D HNCO
1913D C(CO)NH

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試料調製

詳細内容: 20 mM DPC-1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 20 mM / 構成要素: DPC-1
試料状態pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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