分子量: 2458.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized using phosphoramidite chemistry
#2: DNA鎖
DNA_(5'-D(*CP*AP*GP*(N4S)P*CP*GP*AP*C)-3')
分子量: 2581.905 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized using phosphoramidite chemistry
-
実験情報
-
実験
実験
手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-ID
Experiment-ID
Solution-ID
タイプ
1
1
1
2D 1H-1H NOESY
1
2
1
2D 1H-1H COSY
1
3
1
2D 1H-1H TOCSY
1
4
1
2D 1H-13C HSQC
1
5
1
2D 1H-31P HSQC
2
6
2
2D 1H-1H NOESY
-
試料調製
詳細
Solution-ID
内容
溶媒系
1
0.5 mM DNA (5'-D(*GP*TP*CP*GP*GP*CP*TP*G)-3'), 0.5 mM DNA (5'-D(*CP*AP*GP*CP*(N4S)P*GP*AP*C)-3'), 100 % [U-100% 2H] D2O, 50 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 0.1 mM EDTA, 100% D2O
100% D2O
2
0.5 mM DNA (5'-D(*GP*TP*CP*GP*GP*CP*TP*G)-3'), 0.5 mM DNA (5'-D(*CP*AP*GP*CP*(N4S)P*GP*AP*C)-3'), 10 % [U-100% 2H] D2O, 90 % H2O, 50 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 0.1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O
90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)
構成要素
Isotopic labeling
Solution-ID
0.5mM
DNA (5'-D(*GP*TP*CP*GP*GP*CP*TP*G)-3')-1
1
0.5mM
DNA (5'-D(*CP*AP*GP*CP*(N4S)P*GP*AP*C)-3')-2
1
100 %
D2O-3
[U-100% 2H]
1
50mM
sodium chloride-4
1
10mM
sodium phosphate-5
1
0.1mM
EDTA-6
1
0.5mM
DNA (5'-D(*GP*TP*CP*GP*GP*CP*TP*G)-3')-7
2
0.5mM
DNA (5'-D(*CP*AP*GP*CP*(N4S)P*GP*AP*C)-3')-8
2
10 %
D2O-9
[U-100% 2H]
2
90 %
H2O-10
2
50mM
sodium chloride-11
2
10mM
sodium phosphate-12
2
0.1mM
EDTA-13
2
試料状態
Conditions-ID
イオン強度
pH
圧 (kPa)
温度 (K)
1
60
7.0
ambient
298K
2
60
7.0
ambient
283K
-
NMR測定
NMRスペクトロメーター
タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz
-
解析
NMR software
名称
バージョン
開発者
分類
X-PLOR NIH
v2.22
Schwieters, Kuszewski, TjandraandClore
構造決定
X-PLOR NIH
v2.22
Schwieters, Kuszewski, TjandraandClore
精密化
TopSpin
v2.0
BrukerBiospin
collection
TopSpin
v2.0
BrukerBiospin
解析
Felix
v2002
AccelrysSoftwareInc.
chemicalshiftassignment
Felix
v2002
AccelrysSoftwareInc.
データ解析
Felix
v2002
AccelrysSoftwareInc.
peakpicking
精密化
手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造
選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10