PDB-2mca: NMR structure of the protein YP_002937094.1 from Eubacterium rectale

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mca

タイトル

NMR structure of the protein YP_002937094.1 from Eubacterium rectale

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / PSI-Biology / Joint Center for Structural Genomics / JCSG

機能・相同性

Domain of unknown function DUF5300 / Domain of unknown function (DUF5300) / Domain of unknown function (DUF5300) / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DUF5300 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Eubacterium rectale (バクテリア)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

Model details

closest to the average, model18

データ登録者

Proudfoot, A. / Serrano, P. / Geralt, M. / Dutta, S. / Wuthrich, K. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR structure of the protein YP_002937094.1 from Eubacterium rectale
著者: Proudfoot, A. / Wuthrich, K. / Serrano, P. / Geralt, M. / Dutta, S.K.

履歴

登録	2013年8月19日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月11日	Group: Other
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mca.cif.gz	654.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mca.ent.gz	554.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mca.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/2mca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/2mca	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2mmbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4cy7-2 1cyu-d 5e21-d 2nmm-2 4q0n-1 4cy7-1 1exy-d 4q0n-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19433 TargetTrack: JCSG-419666

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

11.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 80	target function
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 11358.426 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 32-133 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Eubacterium rectale (バクテリア) 株: ATCC 33656 / VPI 0990 / 遺伝子: EUBREC_1200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4ZHE8

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	3	1	3D 1H-13C NOESY aromatic
1	4	1	3D 1H-15N NOESY
1	5	1	APSY 4D-HACANH
1	6	1	APSY 5D-CBCA(CO)NH
1	7	1	APSY 5D-(HA)CA(CO)NH

-
試料調製

詳細

内容: 1.2 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] protein, 50 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 5 mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1.2 mM	entity-1	[U-98% 13C; U-98% 15N]	1
50 mM	sodium chloride-2		1
20 mM	sodium phosphate-3		1
5 mM	sodium azide-4		1

試料状態

イオン強度: 0.22 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化
UNIO	Herrmann and Wuthrich	構造決定
UNIO	Herrmann and Wuthrich	chemical shift assignment
CARA	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
TopSpin	Bruker Biospin	解析
TopSpin	Bruker Biospin	collection
OPALp	Luginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich	精密化

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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