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万見
- PDB-2mav: NMR Structure of N2-IQ-dG at the G3 position in the NarI recognit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mav
タイトルNMR Structure of N2-IQ-dG at the G3 position in the NarI recognition sequence
要素
  • DNA_(5'-D(*CP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*TP*C)-3')
  • DNA_(5'-D(*GP*AP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*G)-3')
キーワードDNA / heterocyclic amine / N2-IQ / DNA adducts / NarI / oligodeoxyribonucleotides / quinolines
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailsminimized average structure, model1
Model type detailsminimized average
データ登録者Stavros, K.M. / Hawkins, E.K. / Rizzo, C.J. / Stone, M.P.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Base-displaced intercalation of the 2-amino-3-methylimidazo[4,5-f]quinolone N2-dG adduct in the NarI DNA recognition sequence.
著者: Stavros, K.M. / Hawkins, E.K. / Rizzo, C.J. / Stone, M.P.
履歴
登録2013年7月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA_(5'-D(*CP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*TP*C)-3')
B: DNA_(5'-D(*GP*AP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5242
ポリマ－7,5242
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area4970 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: DNA鎖 DNA_(5'-D(*CP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*TP*C)-3')


分子量: 3795.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA_(5'-D(*GP*AP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*G)-3')


分子量: 3728.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 2D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.560 uM DNA (5'-D(*CP*TP*CP*GP*GP*CP*IQGP*CP*CP*AP*TP*C)-3'), 0.560 uM DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*G)-3'), 0.560 uM N2-2-amino-3-methylimidazo[4,5-f]quinoline-deoxyguanosine, 100% D2O100% D2O
2560 mM DNA (5'-D(*CP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*TP*C)-3'), 560 mM DNA (5'-D(*CP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*TP*C)-3'), 560 mM N2-2-amino-3-methylimidazo[4,5-f]quinoline-deoxyguanosine, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
0.560 uMDNA (5'-D(*CP*TP*CP*GP*GP*CP*IQGP*CP*CP*AP*TP*C)-3')-11
0.560 uMDNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*G)-3')-21
0.560 uMN2-2-amino-3-methylimidazo[4,5-f]quinoline-deoxyguanosine-31
560 mMDNA (5'-D(*CP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*TP*C)-3')-42
560 mMDNA (5'-D(*CP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*TP*C)-3')-52
560 mMN2-2-amino-3-methylimidazo[4,5-f]quinoline-deoxyguanosine-62
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.2Bruker Biospin解析
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
Sparky3.115Goddardchemical shift assignment
Sparky3.115Goddardデータ解析
Sparky3.115Goddardpeak picking
Amber10Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman構造決定
Amber10Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CORMACase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
MARDIGRASCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanデータ解析
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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