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万見
- PDB-2m9y: Solution Structure of the Catalytic Domain of HHARI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m9y
タイトルSolution Structure of the Catalytic Domain of HHARI
要素E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1
キーワードLIGASE / HHARI / RING2 / E3 ligase / Zn-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


PKR/eIFalpha signaling / ubiquitin-like protein transferase activity / Lewy body / RBR-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin conjugating enzyme binding / RSV-host interactions / Cajal body / ubiquitin ligase complex / PKR-mediated signaling / ISG15 antiviral mechanism ...PKR/eIFalpha signaling / ubiquitin-like protein transferase activity / Lewy body / RBR-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin conjugating enzyme binding / RSV-host interactions / Cajal body / ubiquitin ligase complex / PKR-mediated signaling / ISG15 antiviral mechanism / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear body / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1, UBA-like domain / Ariadne domain / Ariadne domain / IBR domain, a half RING-finger domain / E3 ubiquitin ligase RBR family / IBR domain / In Between Ring fingers / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. ...: / E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1, UBA-like domain / Ariadne domain / Ariadne domain / IBR domain, a half RING-finger domain / E3 ubiquitin ligase RBR family / IBR domain / In Between Ring fingers / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Mercier, P. / Spratt, D.E. / Shaw, G.S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structure of the HHARI catalytic domain shows glimpses of a HECT E3 ligase.
著者: Spratt, D.E. / Mercier, P. / Shaw, G.S.
履歴
登録2013年6月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5703
ポリマ－8,4391
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1 / H7-AP2 / HHARI / Monocyte protein 6 / MOP-6 / Protein ariadne-1 homolog / ARI-1 / UbcH7-binding ...H7-AP2 / HHARI / Monocyte protein 6 / MOP-6 / Protein ariadne-1 homolog / ARI-1 / UbcH7-binding protein / UbcM4-interacting protein / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-binding protein 1


分子量: 8439.263 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic Domain (UNP residues 325-396) / 変異: C357S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARIH1, ARI, MOP6, UBCH7BP, HUSSY-27 / プラスミド: pGEX-6P-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL
参照: UniProt: Q9Y4X5, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC aliphatic
1322D 1H-13C HSQC aromatic
1413D 1H-15N NOESY
1513D 1H-13C NOESY aliphatic
1623D 1H-13C NOESY aromatic
1713D HN(CA)CB
1813D CBCA(CO)NH
1923D 1H-13C NOESY aliphatic
11022D (HB)CB(CGCD)HD
11122D (HB)CB(CGCDCE)HE
11222D HCN

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
120 mM MES, 120 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 2.3 mM [U-98% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
220 mM MES, 120 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 2.3 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] protein, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMMES-11
120 mMsodium chloride-21
5 mMDTT-31
2.3 mMentity_1-4[U-98% 15N]1
20 mMMES-52
120 mMsodium chloride-62
5 mMDTT-72
2.3 mMentity_1-8[U-98% 13C; U-98% 15N]2
試料状態イオン強度: 0.12 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJVarian VnmrJ 2.2DVariancollection
NMRPipe2013.021.23.09Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawVer 7.9 Rev 2013.021.23.09Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView9.0.0beta76Johnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRView9.0.0beta76Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRView9.0.0beta76Johnson, One Moon Scientificpeak picking
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIH2.33Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
Procheck3.5.4Laskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thoデータ解析
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: WITH EXPLICIT SOLVENT AND FULL ELECTROSTATICS, WITH EXPLICIT SOLVENT AND FULL ELECTROSTATICS
NMR constraintsNOE constraints total: 1321 / NOE intraresidue total count: 349 / NOE long range total count: 380 / NOE medium range total count: 179 / NOE sequential total count: 413
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0 Å / Distance rms dev error: 0 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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