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- PDB-2m8n: HIV-1 capsid monomer structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m8n
タイトルHIV-1 capsid monomer structure
要素Capsid protein p24
キーワードVIRAL PROTEIN / capsid / HIV / monomer
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase / RNA stem-loop binding ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase / RNA stem-loop binding / viral penetration into host nucleus / host multivesicular body / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell plasma membrane / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase-like, N-terminal / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Retrovirus capsid, C-terminal / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / 溶液散乱 / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Deshmukh, L. / Schwieters, C.D. / Grishaev, A. / Clore, G. / Ghirlando, R.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Structure and Dynamics of Full-Length HIV-1 Capsid Protein in Solution.
著者: Deshmukh, L. / Schwieters, C.D. / Grishaev, A. / Ghirlando, R. / Baber, J.L. / Clore, G.M.
履歴
登録2013年5月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月19日Group: Database references
改定 1.22016年4月27日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl / pdbx_nmr_software / pdbx_soln_scatter / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein p24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6301
ポリマ－25,6301
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)100 / 480structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein p24 / IN


分子量: 25630.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (NEW YORK-5 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P12497
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験
手法詳細
溶液NMRHIV capsid monomer structure. This is equilibrium with a dimer (deposited separately) at NMR conditions.
溶液散乱
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-13C HSQC aliphatic
1412D 1H-13C HSQC aromatic
1513D HNCO
1613D HN(CA)CB
1713D HNCA
1813D HN(CO)CA
1913D 1H-15N NOESY
11012D TROSY-Artsy
11112D 1H-15N R1
11212D 1H-15N R1
11312D 1H-15N R1r
11412D 1H-15N R1r
11512D 1H-15N HetNOE
11612D 1H-15N HetNOE

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] entity, 1 mM EDTA, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMentity-1[U-13C; U-15N; U-2H]1
1 mMEDTA-21
50 mMsodium chloride-31
1 mMDTT-41
20 mMsodium phosphate-51
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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データ収集

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002
Soln scatterタイプ: x-ray / Conc. range: 3.25 - 6.5 / 検出器タイプ: PILATUS 2M / Sample pH: 6.5 / Source beamline: 12-ID-B / Source class: synchrotron / Source type: APS / 温度: 298 K

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.32Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
TopSpin1.3Bruker Biospincollection
CCPN-Analysis2.2.2(CCPN-Analysis)-Vranken, Boucher, Stevens..Laue.データ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: This is an ensemble refinement. The MODEL entries appear in groups of 5, representing 20 ensembles. Ensemble 1: MODEL 1, weight: 0.255 MODEL 2, weight: 0.230 MODEL 3, weight: 0.204 MODEL 4, ...詳細: This is an ensemble refinement. The MODEL entries appear in groups of 5, representing 20 ensembles. Ensemble 1: MODEL 1, weight: 0.255 MODEL 2, weight: 0.230 MODEL 3, weight: 0.204 MODEL 4, weight: 0.176 MODEL 5, weight: 0.135 Ensemble 2: MODEL 6, weight: 0.120 MODEL 7, weight: 0.142 MODEL 8, weight: 0.173 MODEL 9, weight: 0.221 MODEL 10, weight: 0.344 Ensemble 3: MODEL 11, weight: 0.194 MODEL 12, weight: 0.197 MODEL 13, weight: 0.199 MODEL 14, weight: 0.202 MODEL 15, weight: 0.208 Ensemble 4: MODEL 16, weight: 0.104 MODEL 17, weight: 0.128 MODEL 18, weight: 0.164 MODEL 19, weight: 0.221 MODEL 20, weight: 0.383 Ensemble 5: MODEL 21, weight: 0.126 MODEL 22, weight: 0.147 MODEL 23, weight: 0.176 MODEL 24, weight: 0.220 MODEL 25, weight: 0.331 Ensemble 6: MODEL 26, weight: 0.133 MODEL 27, weight: 0.153 MODEL 28, weight: 0.179 MODEL 29, weight: 0.219 MODEL 30, weight: 0.316 Ensemble 7: MODEL 31, weight: 0.167 MODEL 32, weight: 0.178 MODEL 33, weight: 0.192 MODEL 34, weight: 0.212 MODEL 35, weight: 0.252 Ensemble 8: MODEL 36, weight: 0.073 MODEL 37, weight: 0.100 MODEL 38, weight: 0.141 MODEL 39, weight: 0.216 MODEL 40, weight: 0.470 Ensemble 9: MODEL 41, weight: 0.056 MODEL 42, weight: 0.082 MODEL 43, weight: 0.125 MODEL 44, weight: 0.209 MODEL 45, weight: 0.528 Ensemble 10: MODEL 46, weight: 0.067 MODEL 47, weight: 0.093 MODEL 48, weight: 0.135 MODEL 49, weight: 0.214 MODEL 50, weight: 0.491 Ensemble 11: MODEL 51, weight: 0.222 MODEL 52, weight: 0.213 MODEL 53, weight: 0.203 MODEL 54, weight: 0.191 MODEL 55, weight: 0.171 Ensemble 12: MODEL 56, weight: 0.153 MODEL 57, weight: 0.168 MODEL 58, weight: 0.188 MODEL 59, weight: 0.215 MODEL 60, weight: 0.275 Ensemble 13: MODEL 61, weight: 0.236 MODEL 62, weight: 0.221 MODEL 63, weight: 0.204 MODEL 64, weight: 0.185 MODEL 65, weight: 0.155 Ensemble 14: MODEL 66, weight: 0.249 MODEL 67, weight: 0.227 MODEL 68, weight: 0.204 MODEL 69, weight: 0.178 MODEL 70, weight: 0.141 Ensemble 15: MODEL 71, weight: 0.517 MODEL 72, weight: 0.279 MODEL 73, weight: 0.136 MODEL 74, weight: 0.056 MODEL 75, weight: 0.013 Ensemble 16: MODEL 76, weight: 0.224 MODEL 77, weight: 0.214 MODEL 78, weight: 0.203 MODEL 79, weight: 0.190 MODEL 80, weight: 0.169 Ensemble 17: MODEL 81, weight: 0.323 MODEL 82, weight: 0.257 MODEL 83, weight: 0.198 MODEL 84, weight: 0.142 MODEL 85, weight: 0.080 Ensemble 18: MODEL 86, weight: 0.134 MODEL 87, weight: 0.154 MODEL 88, weight: 0.180 MODEL 89, weight: 0.219 MODEL 90, weight: 0.313 Ensemble 19: MODEL 91, weight: 0.184 MODEL 92, weight: 0.190 MODEL 93, weight: 0.197 MODEL 94, weight: 0.206 MODEL 95, weight: 0.224 Ensemble 20: MODEL 96, weight: 0.175 MODEL 97, weight: 0.184 MODEL 98, weight: 0.195 MODEL 99, weight: 0.209 MODEL 100, weight: 0.238
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 480 / 登録したコンフォーマーの数: 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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