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- PDB-2m8l: HIV capsid dimer structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m8l
タイトルHIV capsid dimer structure
要素Capsid protein p24
キーワードVIRAL PROTEIN / capsid / HIV / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / 溶液散乱 / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Deshmukh, L. / Schwieters, C.D. / Grishaev, A. / Clore, G. / Ghirlando, R.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Structure and Dynamics of Full-Length HIV-1 Capsid Protein in Solution.
著者: Deshmukh, L. / Schwieters, C.D. / Grishaev, A. / Ghirlando, R. / Baber, J.L. / Clore, G.M.
履歴
登録2013年5月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月19日Group: Database references
改定 1.22016年4月27日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl / pdbx_nmr_software / pdbx_soln_scatter / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein p24
B: Capsid protein p24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2612
ポリマ－51,2612
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)100 / 480structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein p24 / Exoribonuclease H / p66 RT / p51 RT / p15 / Integrase / IN


分子量: 25630.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P12497
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
溶液散乱
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-13C HSQC aliphatic
1412D 1H-13C HSQC aromatic
1513D HNCO
1613D HN(CA)CB
1713D HNCA
1813D HN(CO)CA
1913D 1H-15N NOESY
11012D TROSY-Artsy
11112D 1H-15N R1
11212D 1H-15N R1
11312D 1H-15N R1r
11412D 1H-15N R1r
11512D 1H-15N HetNOE
11612D 1H-15N HetNOE

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] entity, 1 mM EDTA, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMentity-1[U-13C; U-15N; U-2H]1
1 mMEDTA-21
50 mMsodium chloride-31
1 mMDTT-41
20 mMsodium phosphate-51
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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データ収集

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002
Soln scatterタイプ: x-ray / Conc. range: 3.25 - 6.5 / 検出器タイプ: PILATUS 2M / Sample pH: 6.5 / Source beamline: 12-ID-B / Source class: synchrotron / Source type: APS / 温度: 298 K

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.32Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
TopSpin1.3Bruker Biospincollection
CCPN-Analysis2.2.2(CCPN-Analysis)-Vranken, Boucher, Stevens..Laue.データ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: This is an ensemble refinement. The MODEL entries appear in groups of 5, representing 20 ensembles. Xplor-NIH Ensemble Calculation This file contains 20 ensembles of size 5 Ensemble 1: MODEL ...詳細: This is an ensemble refinement. The MODEL entries appear in groups of 5, representing 20 ensembles. Xplor-NIH Ensemble Calculation This file contains 20 ensembles of size 5 Ensemble 1: MODEL 1, weight: 0.207 MODEL 2, weight: 0.204 MODEL 3, weight: 0.201 MODEL 4, weight: 0.197 MODEL 5, weight: 0.191 Ensemble 2: MODEL 6, weight: 0.225 MODEL 7, weight: 0.214 MODEL 8, weight: 0.203 MODEL 9, weight: 0.190 MODEL 10, weight: 0.168 Ensemble 3: MODEL 11, weight: 0.202 MODEL 12, weight: 0.201 MODEL 13, weight: 0.200 MODEL 14, weight: 0.199 MODEL 15, weight: 0.198 Ensemble 4: MODEL 16, weight: 0.283 MODEL 17, weight: 0.243 MODEL 18, weight: 0.203 MODEL 19, weight: 0.162 MODEL 20, weight: 0.109 Ensemble 5: MODEL 21, weight: 0.200 MODEL 22, weight: 0.200 MODEL 23, weight: 0.200 MODEL 24, weight: 0.200 MODEL 25, weight: 0.200 Ensemble 6: MODEL 26, weight: 0.209 MODEL 27, weight: 0.206 MODEL 28, weight: 0.201 MODEL 29, weight: 0.196 MODEL 30, weight: 0.187 Ensemble 7: MODEL 31, weight: 0.203 MODEL 32, weight: 0.202 MODEL 33, weight: 0.201 MODEL 34, weight: 0.199 MODEL 35, weight: 0.196 Ensemble 8: MODEL 36, weight: 0.190 MODEL 37, weight: 0.194 MODEL 38, weight: 0.198 MODEL 39, weight: 0.204 MODEL 40, weight: 0.214 Ensemble 9: MODEL 41, weight: 0.200 MODEL 42, weight: 0.200 MODEL 43, weight: 0.200 MODEL 44, weight: 0.200 MODEL 45, weight: 0.200 Ensemble 10: MODEL 46, weight: 0.200 MODEL 47, weight: 0.200 MODEL 48, weight: 0.200 MODEL 49, weight: 0.200 MODEL 50, weight: 0.200 Ensemble 11: MODEL 51, weight: 0.203 MODEL 52, weight: 0.202 MODEL 53, weight: 0.200 MODEL 54, weight: 0.199 MODEL 55, weight: 0.197 Ensemble 12: MODEL 56, weight: 0.200 MODEL 57, weight: 0.200 MODEL 58, weight: 0.200 MODEL 59, weight: 0.200 MODEL 60, weight: 0.200 Ensemble 13: MODEL 61, weight: 0.200 MODEL 62, weight: 0.200 MODEL 63, weight: 0.200 MODEL 64, weight: 0.200 MODEL 65, weight: 0.200 Ensemble 14: MODEL 66, weight: 0.179 MODEL 67, weight: 0.186 MODEL 68, weight: 0.196 MODEL 69, weight: 0.208 MODEL 70, weight: 0.232 Ensemble 15: MODEL 71, weight: 0.200 MODEL 72, weight: 0.200 MODEL 73, weight: 0.200 MODEL 74, weight: 0.200 MODEL 75, weight: 0.200 Ensemble 16: MODEL 76, weight: 0.200 MODEL 77, weight: 0.200 MODEL 78, weight: 0.200 MODEL 79, weight: 0.200 MODEL 80, weight: 0.200 Ensemble 17: MODEL 81, weight: 0.200 MODEL 82, weight: 0.200 MODEL 83, weight: 0.200 MODEL 84, weight: 0.200 MODEL 85, weight: 0.199 Ensemble 18: MODEL 86, weight: 0.200 MODEL 87, weight: 0.200 MODEL 88, weight: 0.200 MODEL 89, weight: 0.200 MODEL 90, weight: 0.200 Ensemble 19: MODEL 91, weight: 0.201 MODEL 92, weight: 0.201 MODEL 93, weight: 0.200 MODEL 94, weight: 0.200 MODEL 95, weight: 0.198 Ensemble 20: MODEL 96, weight: 0.200 MODEL 97, weight: 0.200 MODEL 98, weight: 0.200 MODEL 99, weight: 0.200 MODEL 100, weight: 0.200
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 480 / 登録したコンフォーマーの数: 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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