登録情報 | データベース: PDB / ID: 2m88 |
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タイトル | NMR structure of a two-domain RNA-binding fragment of Nrd1 |
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要素 | Protein NRD1 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN / Nrd1 complex / RNA processing and degradation / RRM structure |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
transcription regulatory region RNA binding / antisense RNA transcript catabolic process / Nrd1 complex / sno(s)RNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / tRNA 3'-end processing / CUT catabolic process / snRNA 3'-end processing / nuclear mRNA surveillance / mRNA 3'-end processing ...transcription regulatory region RNA binding / antisense RNA transcript catabolic process / Nrd1 complex / sno(s)RNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / tRNA 3'-end processing / CUT catabolic process / snRNA 3'-end processing / nuclear mRNA surveillance / mRNA 3'-end processing / protein domain specific binding / mRNA binding / RNA binding / nucleus類似検索 - 分子機能 : / Nrd1/Seb1, domain 2 / Nrd1/Seb1, RNA recognition motif / CID domain / RPR / CID domain / CID domain profile. / ENTH/VHS / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif ...: / Nrd1/Seb1, domain 2 / Nrd1/Seb1, RNA recognition motif / CID domain / RPR / CID domain / CID domain profile. / ENTH/VHS / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta類似検索 - ドメイン・相同性 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
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手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing, molecular dynamics, simulated annealing |
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Model details | lowest energy, model1 |
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データ登録者 | Bacikova, V. / Pasulka, J. / Kubicek, K. / Stefl, R. |
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014 タイトル: Structure and semi-sequence-specific RNA binding of Nrd1. 著者: Bacikova, V. / Pasulka, J. / Kubicek, K. / Stefl, R. |
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履歴 | 登録 | 2013年5月8日 | 登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2014年5月14日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2014年5月21日 | Group: Database references |
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改定 1.2 | 2014年7月9日 | Group: Database references |
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改定 1.3 | 2014年7月16日 | Group: Database references |
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改定 1.4 | 2023年6月14日 | Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details |
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改定 1.5 | 2024年5月15日 | Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI |
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