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万見
- PDB-2m7t: Solution NMR Structure of Engineered Cystine Knot Protein 2.5D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m7t
タイトルSolution NMR Structure of Engineered Cystine Knot Protein 2.5D
要素Cystine Knot Protein 2.5D
キーワードPROTEIN BINDING / Protein Engineering / Cystine Knot / Knottin / CASP
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Cochran, F.V. / Das, R.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Challenging the state of the art in protein structure prediction: Highlights of experimental target structures for the 10th Critical Assessment of Techniques for Protein Structure ...タイトル: Challenging the state of the art in protein structure prediction: Highlights of experimental target structures for the 10th Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction Experiment CASP10.
著者: Kryshtafovych, A. / Moult, J. / Bales, P. / Bazan, J.F. / Biasini, M. / Burgin, A. / Chen, C. / Cochran, F.V. / Craig, T.K. / Das, R. / Fass, D. / Garcia-Doval, C. / Herzberg, O. / Lorimer, D. ...著者: Kryshtafovych, A. / Moult, J. / Bales, P. / Bazan, J.F. / Biasini, M. / Burgin, A. / Chen, C. / Cochran, F.V. / Craig, T.K. / Das, R. / Fass, D. / Garcia-Doval, C. / Herzberg, O. / Lorimer, D. / Luecke, H. / Ma, X. / Nelson, D.C. / van Raaij, M.J. / Rohwer, F. / Segall, A. / Seguritan, V. / Zeth, K. / Schwede, T.
履歴
登録2013年4月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystine Knot Protein 2.5D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,2511
ポリマ－3,2511
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Cystine Knot Protein 2.5D


分子量: 3250.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1313D C(CO)NH
1413D HNCO
1513D HN(CA)CB
1613D H(CCO)NH
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY aliphatic
1913D 1H-13C NOESY aromatic
1101ghnco LRA
11112D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細内容: 300 uM [U-13C; U-15N] 2.5D, 50 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMEngineered Cystine Knot Protein[U-13C; U-15N]1
50 mMsodium phosphate1
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian VNMRSVarianVNMRS8001
Varian VNSVarianVNS6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
YASARA精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Refinement in explicit solvent
NMR constraintsNOE constraints total: 462 / NOE long range total count: 136 / NOE medium range total count: 78 / Disulfide bond constraints total count: 18 / Hydrogen bond constraints total count: 16 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 15 / Protein psi angle constraints total count: 17
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 0 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.33 Å / Torsion angle constraint violation method: CYANA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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