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万見
- PDB-2m4i: Solution structure of Bacillus subtilis MinC N-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m4i
タイトルSolution structure of Bacillus subtilis MinC N-terminal domain
要素Septum site-determining protein MinC
キーワードCELL CYCLE / MinC / Bacillus subtilis / FtsZ inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein polymerization / regulation of cell septum assembly / division septum assembly / cell morphogenesis
類似検索 - 分子機能
Double Stranded RNA Binding Domain - #540 / : / Cell-division inhibitor MinC, N-terminal domain-like / Septum formation inhibitor MinC, C-terminal / Septum formation inhibitor MinC / Septum formation inhibitor MinC, C-terminal domain superfamily / Septum formation inhibitor MinC, C-terminal domain / Cyclase-associated protein CAP/septum formation inhibitor MinC, C-terminal / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Septum site-determining protein MinC
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, torsion angle dynamics, 精密化
Model detailsminimized average structure, model1
Model type detailsminimized average
データ登録者Castellen, P. / Sforca, M.L. / Zeri, A.C.M. / Gueiros-Filho, F.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of Bacillus subtilis MinC N-terminal domain
著者: Castellen, P. / Sforca, M.L. / Zeri, A.C.M. / Gueiros-Filho, F.J.
履歴
登録2013年2月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Septum site-determining protein MinC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0291
ポリマ－12,0291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Septum site-determining protein MinC


分子量: 12028.641 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-102 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BSU28000, minC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01463

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC aliphatic
1332D 1H-13C HSQC aromatic
1433D 1H-13C NOESY
1513D CBCA(CO)NH
1613D HNCO
1713D HNCA
1813D HN(CA)CB
1933D (H)CCH-TOCSY
11023D 1H-15N NOESY
11133D CCH-TOCSY
1122T1 1H-15N HSQC
1132T2 1H-15N HSQC
1142NOE 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.45 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein-1, 50 mM sodium phosphate-2, 50 mM potassium chloride-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.45 mM [U-100% 15N] protein-4, 50 mM sodium phosphate-5, 50 mM potassium chloride-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.45 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein-7, 50 mM sodium phosphate-8, 50 mM potassium chloride-9, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.45 mMprotein-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMsodium phosphate-21
50 mMpotassium chloride-31
0.45 mMprotein-4[U-100% 15N]2
50 mMsodium phosphate-52
50 mMpotassium chloride-62
0.45 mMprotein-7[U-99% 13C; U-99% 15N]3
50 mMsodium phosphate-83
50 mMpotassium chloride-93
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 7.4 / 圧: ambient atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift calculation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
VnmrJVariancollection
VnmrJVarian解析
smartnotebook(Smart Notebook) Slupsky et al., 2003.解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, torsion angle dynamics, 精密化
ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1257 / NOE intraresidue total count: 399 / NOE long range total count: 207 / NOE medium range total count: 235 / NOE sequential total count: 416
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0 Å / 代表コンフォーマー: 1
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.58 Å / Distance rms dev error: 0.13 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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