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万見
- PDB-2m3n: Peptide leucine arginine -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m3n
タイトルPeptide leucine arginine
要素Peptide leucine arginine
キーワードHydrolase inhibitor / bowman birk inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


mast cell degranulation / defense response to fungus / defense response / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Frog antimicrobial peptide, ranacyclin-type, Ranidae / Frog antimicrobial peptide / Frog antimicrobial peptide, propeptide / Frog skin active peptide family signal and propeptide
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptide leucine arginine
類似検索 - 構成要素
生物種Rana pipiens (カエル)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Polte, T.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Therapeutic potential of the Peptide leucine arginine as a new nonplant bowman-birk-like serine protease inhibitor.
著者: Rothemund, S. / Sonnichsen, F.D. / Polte, T.
履歴
登録2013年1月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月25日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide leucine arginine


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1421
ポリマ－2,1421
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Peptide leucine arginine / pLR


分子量: 2141.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rana pipiens (カエル) / 参照: UniProt: Q90WP7
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D DQF-COSY
1212D 1H-1H NOESY
2312D 1H-1H NOESY
3412D 1H-1H NOESY
1512D 1H-1H TOCSY
2612D 1H-1H TOCSY
3712D 1H-1H TOCSY
1822D DQF-COSY
1922D 1H-1H NOESY
11022D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM peptide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM peptide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
1 mMpeptide1
1 mMpeptide2
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
103.5ambient 298 K
2ambient 293 K
3ambient 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRView8.0.3Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRView8.0.3Johnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: WITH EXPLICIT WATER, WATER REFINEMENT WITH RECOORD SCRIPTS
NMR constraintsProtein phi angle constraints total count: 10 / Protein psi angle constraints total count: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 2.4 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.273 Å / Torsion angle constraint violation method: 1D, TALOS+
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0276 Å / Distance rms dev error: 0.0056 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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