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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2m37 | ||||||
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タイトル | Structure of lasso peptide astexin-1 | ||||||
要素 | ASTEXIN-1 | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / ASTEXIN-1 / LASSO PEPTIDE / LARIAT PROTOKNOT | ||||||
機能・相同性 | defense response to bacterium / Astexin-1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Asticcacaulis excentricus (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model1 | ||||||
データ登録者 | Zimmermann, M. / Hegemann, J.D. / Xie, X. / Marahiel, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2013 タイトル: The astexin-1 lasso peptides: biosynthesis, stability, and structural studies. 著者: Zimmermann, M. / Hegemann, J.D. / Xie, X. / Marahiel, M.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2m37.cif.gz | 116.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2m37.ent.gz | 92.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2m37.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2m37_validation.pdf.gz | 382.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2m37_full_validation.pdf.gz | 407.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2m37_validation.xml.gz | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2m37_validation.cif.gz | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/2m37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/2m37 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2113.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Asticcacaulis excentricus (バクテリア) 株: ATCC 15261 / DSM 4724 / VKM B-1370 / CB 48 / 遺伝子: ATXA / 株 (発現宿主): CB48 / 参照: UniProt: E8RMD3 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 5.7 mM ASTEXIN-1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 5.7 mM / 構成要素: ASTEXIN-1(19)-1 |
試料状態 | 圧: ambient atm / 温度: 283 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |