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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2m26 | ||||||
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タイトル | NMR structure of the C-terminal domain of the protein HCFC1 from Mus musculus | ||||||
要素 | HCF C-terminal chain 1 | ||||||
キーワード | CELL CYCLE / JCSG / PSI-Biology / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / Partnership for Stem Cell Biology / STEMCELL | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / : / : / DNA-binding transcription factor binding => GO:0140297 / SAGA-type complex / release from viral latency / HATs acetylate histones / UCH proteinases / blastocyst hatching ...: / : / : / : / DNA-binding transcription factor binding => GO:0140297 / SAGA-type complex / release from viral latency / HATs acetylate histones / UCH proteinases / blastocyst hatching / Set1C/COMPASS complex / cell cycle / transcription factor binding / MLL1 complex / cellular response to organic cyclic compound / histone acetyltransferase complex / regulation of protein-containing complex assembly / protein-macromolecule adaptor activity / collagen-containing extracellular matrix / transcription coactivator activity / protein stabilization / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / axon / neuronal cell body / dendrite / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | ||||||
Model details | lowest energy, model 1 | ||||||
データ登録者 | Serrano, P. / Geralt, M. / Dutta, S.K. / Wuthrich, K. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for Stem Cell Biology (STEMCELL) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: NMR structure of the C-terminal domain of the protein HCFC1 from Mus musculus 著者: Serrano, P. / Wuthrich, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2m26.cif.gz | 763.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2m26.ent.gz | 646.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2m26.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2m26_validation.pdf.gz | 487.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2m26_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2m26_validation.xml.gz | 142.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2m26_validation.cif.gz | 116.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/2m26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/2m26 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13347.041 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1896-2020 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Hcfc1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q61191 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.2 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] protein, 50 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 5 mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O | ||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.22 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |