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万見
- PDB-2m1l: Solution NMR Structure of Cyclin-dependent kinase 2-associated pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m1l
タイトルSolution NMR Structure of Cyclin-dependent kinase 2-associated protein 2 (CDK2AP2, DOC-1R) from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR8910C
要素Cyclin-dependent kinase 2-associated protein 2
キーワードCELL CYCLE / Structural Genomics / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NESG / PSI-Biology / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of stem cell division / NuRD complex / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of microtubule cytoskeleton organization / microtubule / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1300 / Cyclin-dependent kinase 2-associated protein 1/2 / Cyclin-dependent kinase 2-associated protein / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase 2-associated protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Ertekin, A. / Janjua, H. / Kohan, E. / Shastry, R. / Pederson, K. / Prestegard, J.H. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of CDK2-associated protein 2 (CDK2AP2, Deleted in Oral Cancer 1 Related protein, DOC-1R)
著者: Ertekin, A. / Janjua, H. / Shastry, R. / Pederson, K. / Prestegard, J.H. / Montelione, G.T.
履歴
登録2012年11月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 2-associated protein 2
B: Cyclin-dependent kinase 2-associated protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2902
ポリマ－15,2902
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 2-associated protein 2 / CDK2-associated protein 2 / DOC-1-related protein / DOC-1R


分子量: 7644.793 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 61-126 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK2AP2, DOC1R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMgK / 参照: UniProt: O75956

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D CBCA(CO)NH
1713D HBHA(CO)NH
1813D HN(CA)CO
1913D 1H-13C NOESY aliphatic
11013D 1H-15N NOESY
11123D 13C-filtered NOESY aliphatic
11222D 13C-filtered NOESY aromatic
11342D 1H-13C high res (L/V methyl stereospecific assignment)
11413D (H)CCH-TOCSY
11513D (H)CCH-COSY
11613D (H)CCH-TOCSY
11713D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
15.0 mg/mL [U-100% 13C; U-100% 15N] HR8910C.003, 1 x Proteinase Inhibitors, 0.02 % NaN3, 10 mM DTT, 5 mM CaCL2, 200 mM NaCL, 20 mM MES pH 6.5, 5 % D2O, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
25.0 mg/mL [U-100% 13C; U-100% 15N] HR8910C, 15.0 mg/mL HR8910C, 0.02 % NaN3, 10 mM DTT, 5 mM CaCL2, 200 mM NaCL, 20 mM MES pH 6.5, 5 % D2O, 1 x Proteinase Inhibitors, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.3 mM [U-100% 15N] HR8910C, 0.02 % NaN3, 10 mM DTT, 5 mM CaCL2, 200 mM NaCL, 20 mM MES pH 6.5, 5 % D2O, 1 x Proteinase Inhibitors, 4.2 % PEG, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
45.0 mg/mL [U-5% 13C; U-100% 15N] HR8910C.005, 1 x Proteinase Inhibitors, 0.02 % NaN3, 10 mM DTT, 5 mM CaCL2, 200 mM NaCL, 20 mM MES pH 6.5, 5 % D2O, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
5.0 mg/mLHR8910C.003-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1 %Proteinase Inhibitors-21
0.02 %NaN3-31
10 mMDTT-41
5 mMCaCL2-51
200 mMNaCL-61
20 mMMES pH 6.5-71
5 %D2O-81
5.0 mg/mLHR8910C-9[U-100% 13C; U-100% 15N]2
15.0 mg/mLHR8910C-102
0.02 %NaN3-112
10 mMDTT-122
5 mMCaCL2-132
200 mMNaCL-142
20 mMMES pH 6.5-152
5 %D2O-162
1 %Proteinase Inhibitors-172
0.3 mMHR8910C-18[U-100% 15N]3
0.02 %NaN3-193
10 mMDTT-203
5 mMCaCL2-213
200 mMNaCL-223
20 mMMES pH 6.5-233
5 %D2O-243
1 %Proteinase Inhibitors-253
4.2 %PEG-263
5.0 mg/mLHR8910C.005-27[U-5% 13C; U-100% 15N]4
1 %Proteinase Inhibitors-284
0.02 %NaN3-294
10 mMDTT-304
5 mMCaCL2-314
200 mMNaCL-324
20 mMMES pH 6.5-334
5 %D2O-344
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readrefinement,structure solution,geometry optimization
CYANA3.02Guntert, Mumenthaler and Wuthrichrefinement,geometry optimization,structure solution
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionedata analysis,chemical shift assignment
NMRPipe2Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
PINE1Bahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
Sparky3.112Goddardデータ解析
TALOS+Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
PALESPALES (Zweckstetter, Bax)geometry optimization
PSVS1.4Bhattacharya, Montelionestructure validation
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structure determination of this symmetric homodimer was performed iteratively using CYANA 3.02. The 20 structures out of 100 with lowest target function were further refined by restrained ...詳細: Structure determination of this symmetric homodimer was performed iteratively using CYANA 3.02. The 20 structures out of 100 with lowest target function were further refined by restrained molecular dynamics/energy minimization in explicit water using CNS 1.3. Residual dipolar couplings and backbone dihedral angle constraints for the ordered regions were applied at all stages of the structure determination
NMR constraintsNOE constraints total: 1914 / NOE intraresidue total count: 437 / NOE long range total count: 476 / NOE medium range total count: 523 / NOE sequential total count: 478 / Protein phi angle constraints total count: 50 / Protein psi angle constraints total count: 51
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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