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万見
- PDB-2m12: Solution structure of the ID3 stem loop of domain 1 of the ai5gam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m12
タイトルSolution structure of the ID3 stem loop of domain 1 of the ai5gamma group II intron
要素RNA (5'-R(*GP*GP*GP*UP*GP*UP*AP*UP*UP*GP*GP*AP*AP*AP*UP*GP*AP*GP*CP*AP*CP*CP*C)-3')
キーワードRNA / EBS1 / stem loop / ID3
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsfewest violations, model3
データ登録者Popovic, M. / Greenbaum, N.L.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2014
タイトル: Role of helical constraints of the EBS1-IBS1 duplex of a group II intron on demarcation of the 5' splice site.
著者: Popovic, M. / Greenbaum, N.L.
履歴
登録2012年11月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*UP*GP*UP*AP*UP*UP*GP*GP*AP*AP*AP*UP*GP*AP*GP*CP*AP*CP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4431
ポリマ－7,4431
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*GP*UP*GP*UP*AP*UP*UP*GP*GP*AP*AP*AP*UP*GP*AP*GP*CP*AP*CP*CP*C)-3')


分子量: 7443.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: RNA stem loop
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2122D 1H-1H NOESY
2222D 1H-1H TOCSY
2322D DQF-COSY
1432D 1H-15N HSQC
2542D 1H-13C HSQC
2642D 1H-13C HSQC aliphatic
2742D 1H-13C HSQC aromatic
2833D 1H-15N NOESY
2943D (H)CCH-COSY
21043D (H)CCH-TOCSY
11112D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.03-0.9 mM ID3, 60 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.3-0.9 mM ID3, 60 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
30.3-0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ID3, 60 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.3-0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ID3, 60 mM potassium chloride, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMID3-10.03-0.91
60 mMsodium chloride-21
mMID3-30.3-0.92
60 mMsodium chloride-42
mMID3-5[U-100% 13C; U-100% 15N]0.3-0.53
60 mMsodium chloride-63
mMID3-7[U-100% 13C; U-100% 15N]0.3-0.54
60 mMpotassium chloride-84
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.066.4ambient 277 K
20.066.4ambient 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CCPNCCPNchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 287 / NOE intraresidue total count: 130 / NOE long range total count: 26 / NOE sequential total count: 99
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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