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万見
- PDB-2m0q: Solution NMR analysis of intact KCNE2 in detergent micelles demon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m0q
タイトルSolution NMR analysis of intact KCNE2 in detergent micelles demonstrate a straight transmembrane helix
要素Potassium voltage-gated channel subfamily E member 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Transmembrane helix / detergent micelle
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of inward rectifier potassium channel activity / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / Phase 3 - rapid repolarisation / membrane repolarization during action potential / Phase 2 - plateau phase / membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / negative regulation of delayed rectifier potassium channel activity / potassium ion export across plasma membrane / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / regulation of membrane repolarization ...regulation of inward rectifier potassium channel activity / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / Phase 3 - rapid repolarisation / membrane repolarization during action potential / Phase 2 - plateau phase / membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / negative regulation of delayed rectifier potassium channel activity / potassium ion export across plasma membrane / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / regulation of membrane repolarization / membrane repolarization / delayed rectifier potassium channel activity / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / inward rectifier potassium channel activity / ventricular cardiac muscle cell action potential / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / regulation of potassium ion transmembrane transport / tongue development / potassium ion import across plasma membrane / regulation of heart rate by cardiac conduction / potassium channel regulator activity / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / cellular response to xenobiotic stimulus / transmembrane transporter binding / lysosome / apical plasma membrane / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNE2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNE / Slow voltage-gated potassium channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium voltage-gated channel subfamily E member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lai, C. / Li, P. / Chen, L. / Zhang, L. / Wu, F. / Tian, C.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2014
タイトル: Differential modulations of KCNQ1 by auxiliary proteins KCNE1 and KCNE2.
著者: Li, P. / Liu, H. / Lai, C. / Sun, P. / Zeng, W. / Wu, F. / Zhang, L. / Wang, S. / Tian, C. / Ding, J.
履歴
登録2012年11月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium voltage-gated channel subfamily E member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4861
ポリマ－14,4861
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Potassium voltage-gated channel subfamily E member 2 / MinK-related peptide 1 / Minimum potassium ion channel-related peptide 1 / Potassium channel ...MinK-related peptide 1 / Minimum potassium ion channel-related peptide 1 / Potassium channel subunit beta MiRP1


分子量: 14486.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNE2 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y6J6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1332D 1H-15N HSQC
1433D HNCO
1533D HNCA
1633D HN(CO)CA
1733D HN(CA)CB
1833D HN(COCA)CB
1923D HBHA(CO)NH
11013D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM [U-15N] KCNE2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.0 mM [U-13C; U-15N] KCNE2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.0 mM [U-13C; U-15N; U-2H] KCNE2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMKCNE2-1[U-15N]1
1.0 mMKCNE2-4[U-13C; U-15N]2
1.0 mMKCNE2-7[U-13C; U-15N; U-2H]3
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker DMXBrukerDMX8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 282 / NOE intraresidue total count: 130 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 21 / NOE sequential total count: 131 / Protein phi angle constraints total count: 120 / Protein psi angle constraints total count: 120
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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