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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2lzw | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | DNA duplex containing mispair-aligned O6G-heptylene-O6G interstrand cross-link | ||||||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / INTERSTRAND CROSS-LINK | 機能・相同性 | HEPTANE / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | Model details | minimized average structure, model 1 | Model type details | minimized average | データ登録者 | Denisov, A.Y. / McManus, F.P. / Noronha, A.M. / Wilds, C.J. | 引用 | ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2017 | タイトル: Structural basis of interstrand cross-link repair by O 6 -alkylguanine DNA alkyltransferase. 著者: Denisov, A.Y. / McManus, F.P. / O'Flaherty, D.K. / Noronha, A.M. / Wilds, C.J. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2lzw.cif.gz | 169.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2lzw.ent.gz | 139.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2lzw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/2lzw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/2lzw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3373.222 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-HP6 / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 |
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations and the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 11 |