PDB-2lye: High resolution NMR solution structure of a symmetrical theta-def...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lye

タイトル

High resolution NMR solution structure of a symmetrical theta-defensin, BTD-2

要素

BTD-2

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / theta-defensin / cyclic peptides / cyclic cystine ladder

手法

溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Conibear, A.C. / Rosengren, K. / Harvey, P.J. / Craik, D.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Structural characterization of the cyclic cystine ladder motif of theta-defensins.
著者: Conibear, A.C. / Rosengren, K.J. / Harvey, P.J. / Craik, D.J.

履歴

登録	2012年9月18日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lye.cif.gz	99.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lye.ent.gz	69.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lye.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/2lye ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/2lye	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2lyfC 2lziC 1hvz 2atg C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2lzi-d 2esz-d 6csz-d 1ho7-d 2m78-d 1xop-d 1ho2-d 1jau-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 18722

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BTD-2

2.09 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	BTD-2 分子量: 2090.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid phase peptide synthesis
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR / 詳細: Head-to-tail (Arg-Gly) cyclic peptide

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	2	2D 1H-13C HSQC
1	4	1	2D DQF-COSY
1	5	2	2D 1H-1H ECOSY
1	6	1	2D 1H-15N HSQC

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.8 mM BTD-2-1, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	0.9 mM BTD-2-2, 100% D2O	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
0.8 mM	BTD-2-1	1
0.9 mM	BTD-2-2	2

試料状態

pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	500	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	2
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	900	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CcpNmr	2.1	CCPN	データ解析
CcpNmr	2.1	CCPN	chemical shift assignment
CcpNmr	2.1	CCPN	peak picking
TopSpin	2.1	Bruker Biospin	collection
TopSpin	2.1	Bruker Biospin	解析
CYANA	3	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CNS	2.1	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化
CYANA		Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures were calculated using the scripts from the RECOORD database.

NMR constraints

NOE constraints total: 72 / NOE intraresidue total count: 28 / NOE long range total count: 6 / NOE medium range total count: 8 / NOE sequential total count: 30 / Hydrogen bond constraints total count: 16 / Protein chi angle constraints total count: 8 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 17 / Protein psi angle constraints total count: 17

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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