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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ly1 | ||||||
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タイトル | NMR structure of the second and third lotus domains of tudor domain-containing protein 7 (NMR ensemble overlay for Lotus #2) | ||||||
![]() | Tudor domain-containing protein 7 | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / TDRD7 / LOTUS DOMAIN / OST-HTH DOMAIN / RNA BINDING DOMAIN / GERMINAL GRANULES | ||||||
機能・相同性 | ![]() P granule organization / ribonucleoprotein granule / piRNA processing / lens morphogenesis in camera-type eye / chromatoid body / lens fiber cell differentiation / P granule / post-transcriptional regulation of gene expression / germ cell development / spermatogenesis ...P granule organization / ribonucleoprotein granule / piRNA processing / lens morphogenesis in camera-type eye / chromatoid body / lens fiber cell differentiation / P granule / post-transcriptional regulation of gene expression / germ cell development / spermatogenesis / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
![]() | Cui, G. / Botuyan, M. / Mer, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: NMR structure of the second and third lotus domains of tudor domain-containing protein 7 著者: Cui, G. / Botuyan, M. / Mer, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 936.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 412.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 535.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 67.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 88 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20322.172 Da / 分子数: 1 / 断片: LOTUS DOMAINS 2 and 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TDRD7 (LOTUS1-LOTUS2), 90 % H2O, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.26 / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |